Sakura Minamoto es una chica de preparatoria que espera ser una idol, pero lo que no esperaba era tener que sobrevivir a un terrorífico apocalipsis zombi... o no. Cuando despierta se encuentra en la prefectura de Saga y un hombre muy escandaloso le indica que lleva bastante tiempo muerta, pero la ha resucitado como una zombi para formar... ¡un grupo de idols zombi junto a chicas legendarias de varias épocas!

Los chicos sueñan con poder volar algún día por el infinito cielo, aunque son dolorosamente conscientes de cuán lejos está el cielo más allá del cristal que les impide salir volando. En un futuro distante la humanidad ha creado Plantation, una ciudad fortaleza móvil construida sobre las ruinas del mundo y en la que ha florecido la civilización. En la ciudad hay barracones especiales para pilotos llamados Mistilteinn, aunque popularmente se los conoce como "jaulas de pájaros". Allí es donde viven estos chicos... sin saber nada del mundo exterior, sin poder sentir nunca el enorme cielo. Su única misión en la vida siempre fue luchar. Sus enemigos son los misteriosos organismos gigantes conocidos como Kyoryu, a los cuales enfrentan con los robots llamados FRANXX. No saben hacer otra cosa y no se lo plantean, pues creen que este es su propósito único en la vida. entre ellos está un niño al que en su día consideraron un niño prodigio: Código 016, Hiro. Sin embargo, ahora es un fracaso y se lo considera innecesario. Quienes no pueden pilotar un FRANXX es como si no existieran. Un día aparece ante Hiro una chica llamada Zero Two y de su cabeza surgen dos cuernos. "Te encontré, cariño mío"

Con el programa espacial que intentó viajar a Marte, científicos del siglo XXI fueron encargados con la tarea de calentar el planeta para que así los humanos puedan vivir en su superficie. Tenían un plan eficiente y rentable de enviar cucarachas y moldear la superficie para que así absorbiera la luz del sol y los insectos sirvieran como fuente de comida para el molde. Ahora es el año 2577 y la primera nave tripulada con dirección a Marte ha aterrizado en el planeta y el grupo de seis miembros ya está preparado para su misión. Pero lo que encuentran son gigantescos y mutados humanoides cucarachas con increíble fuerza física. Los miembros de la tripulación son fácilmente eliminados, pero no antes de enviar una transmisión a la Tierra. Ahora, la humanidad enviará a guerreros de élite para exterminara a los insectos mutados y recuperar Marte.

La historia nos lleva a través de las aventuras de Tatsumi, un joven boxeador que viajó a la capital imperial para unirse al ejército. Sin embargo, descubre que la ciudad está dañada por el ansia de poder de los funcionarios, que se aprovechan de la falta de experiencia del emperador para gobernar a su antojo. Después de tener cierto encuentro, Tatsumi se encuentra involucrado dentro de un grupo de asesinos en la sombra llamados "Night Raid", luchando contra la tiranía de la Ciudad Imperial...

La historia sigue a Saya Kisaragi como alumna de segundo curso del Instituto Privado Sanabara, donde lleva una vida normal y difruta de su diario vivir.Sin embargo,su padre le encomienda la misión como heredera del templo Ukishima de acabar con los "furukimonos"(Ancianos) usando la espada Mikami(Espada de los dioses) para preservar la paz en su instituto y proteger a la ciudad del peligro de estos seres.A lo largo de sus encuentros con estos seres, descubrirá variados secretos que hará cuestionarse lo enigmáticos que son hasta encontrar alguna verdad,pero...el destino le aguardará muchas sorpresas a Saya.