Han pasado 3 años desde la Segunda Guerra de Neo Zeon y en un acontecimiento sin precedentes, Syam Vist junto a su nieto Cardeas Vist y cabeza de la Fundación Vist planean entregar el objeto que encontró en las ruinas de Laplace a comienzos del Universal Century a los remanentes de Zeon, dicho objeto ahora es conocido como la Caja de Laplace. Si la Caja es puesta en manos de Zeon podría significar la caída del gobierno de la Federación. En medio de todo esto, la vida de un muchacho llamado Banagher Links cambiará para siempre cuando, en un encuentro confuso, cruce su camino con una joven llamada Audrey Burne y obligado por las circunstancias, se convierta en el piloto de la llave para abrir la caja, el Gundam Unicorn.

El Teniente Oliver May y la Unidad de División Técnica 603 a bordo del Jotunheim continúan probando y evaluando armas experimentales con las que ayudar en la guerra de Zeon contra la Federación. Al finalizar cada experimento, la historia de las tribulaciones a las que han tenido que enfrentarse el arma y su piloto de pruebas añade un pequeño capítulo a la larga historia de la "Guerra de un Año".

La historia de Gintama nos sitúa en un Japón sometido por unas criaturas alienígenas conocidas como Amantos. Gracias a estos el país goza de avances tecnológicos desmedidos, pero a la vez la especie humana ha sido desprendida de la autoridad de velar sobre su propio planeta. Para evitar revuelas bélicas se ha prohibido por completo el uso y porte de espadas en cualquier circunstancia por parte de los terrícolas,pero aun así en esta nueva era hay personas que se mantienen fieles a sus creencias y convicciones antañas como es el caso del protagonista, Gintoki. Gin, junto con otros dos igualmente estrambóticos personajes crean una tienda conocida como la Yorozuya, en donde se dedican a realizar cualquier tipo de trabajo que se les presente, pero al final rara vez logran obtener algo de dinero decente y tienen problemas incluso para pagar el alquiler del piso.