Rikka, la hija mayor de un clan Ninja, que admira mucho a su padre, un investigador, vive en una residencia ninja escondida en un rincón de una ciudad futurista. Continuando con su vida normalmente, la casa de Rikka fue repentinamente atacada un día. Llevada a una esquina, ¿qué haría ella para superar esta crisis? ¡Rompe la oscuridad en pedazos y conviértete en "BLACK"!
Estamos en la era Taisho de Japón. Tanjiro, un joven que se gana la vida vendiendo carbón, descubre un día que su familia ha sido asesinada por un demonio. Para empeorar las cosas, su hermana menor Nezuko, la única superviviente de la masacre, ha sufrido una transformación en demonio. Destrozado por los acontecimientos Tanjiro decide convertirse en un cazador de demonios para poder devolver a su hermana a la normalidad y matar al demonio que masacró a su familia.
La historia se centra alrededor de las llamadas "Auto Memory Dolls"; muñecas inicialmente creadas por un científico para asistir a su esposa ciega a escribir sus novelas y, luego, rentarlas a personas que necesitan de sus servicios. Mientras que la función inicial de las Auto Memory Dolls es solo generar las voces a texto, un segundo grupo de personas creó una compañía que renta hermosas y talentosas mujeres quienes, teniendo las mismas funciones que una Auto Memory Doll original, también pueden realizar tareas relacionadas con la milicia o el ejército.
La historia tiene lugar en Koudo Ikusei, la escuela de prestigio por excelencia que cuenta con instalaciones de última generación en las que casi el 100% de los alumnos pueden ir a la universidad y encontrar trabajo. En ella los estudiantes tienen la libertad de llevar el peinado que quieran y de traer todos los efectos personales que deseen. Koudo Ikusei es una escuela paradisíaca, pero lo cierto es que sólo los alumnos “superiores” son bien tratados. El protagonista Kiyotaka Ayanokouji pertenece a la Clase-D, aquella en la sólo están los estudiantes “inferiores” que son ridiculizados por el resto de la escuela. Por alguna razón, Kiyotaka se despistó en sus exámenes de ingreso y terminó ahí. Sin embargo, después de conocer a Suzune Horikita y Kikyou Kushida, otros dos estudiantes de su misma clase, la situación de Kiyotaka comienza a cambiar.
Invertia, la catástrife astral que aniquiló muchas ciudades en el siglo XX, supuso también el nacimiento de una nueva raza de humanos con habilidades especiales: los Genestella. Al mismo tiempo, se encontró un elemento especial en el interior del meteoro, "maná", que ayudó a que la humanidad diera un salto tecnológico. En Rikka, la ciudad académica sobre el agua, el "Asterisk" como muchos la llaman, estudiantes de seis escuelas se preparan para un torneo que se celebra anualmente y que enfrenta a los mejores estudiantes. Ayato Amagiri, de la Academia Seidoukan, se enfrentará al reto acompañado de Julis, la Bruja de las Llamas Resplandecientes.
Pasados dos años y medio de entrenamiento con Jiraiya, Naruto Uzumaki regresa a la aldea oculta de la hoja, donde se reúne con sus viejos amigos y conforma de nuevo el Equipo 7. Debido a la ausencia de Sasuke, aparece un nuevo personaje llamado Sai el cual retoma su lugar. En esta secuela podremos notar como los compañeros de Naruto han madurado con respecto a su desempeño previo, mejorando la mayoría de estos en su nivel. Durante su entrenamiento con Jiraiya, Naruto aprendió a controlar un poco de la chacra del Kyubi. Lo contrario a la serie original, dónde sólo desempeñó un papel secundario, la organización Akatsuki asume el papel antagónico principal en Naruto Shippuden, buscando como objetivo principal el capturar a todos los poderosos monstruos Biju.
