La historia comienza con Junichi “Jun” Hashiba, un estudiante de instituto no popular al que le preocupa perder su virginidad. Empujado por sus compañeros, Jun se pone de rodillas y confiesa su amor a su compañera de clase, Yukana Yame. La confesión sorprendentemente funciona y la pareja comienza a salir. Pero Jun se encuentra en tierra desconocida con Yame, una “gal” (gyaru) fashion y preocupada por las tendencias.
La historia tiene lugar en Koudo Ikusei, la escuela de prestigio por excelencia que cuenta con instalaciones de última generación en las que casi el 100% de los alumnos pueden ir a la universidad y encontrar trabajo. En ella los estudiantes tienen la libertad de llevar el peinado que quieran y de traer todos los efectos personales que deseen. Koudo Ikusei es una escuela paradisíaca, pero lo cierto es que sólo los alumnos “superiores” son bien tratados. El protagonista Kiyotaka Ayanokouji pertenece a la Clase-D, aquella en la sólo están los estudiantes “inferiores” que son ridiculizados por el resto de la escuela. Por alguna razón, Kiyotaka se despistó en sus exámenes de ingreso y terminó ahí. Sin embargo, después de conocer a Suzune Horikita y Kikyou Kushida, otros dos estudiantes de su misma clase, la situación de Kiyotaka comienza a cambiar.
Después de un extraño accidente en el que lo mataron unos rayos, el joven de 15 años Mochizuki Touya se despierta para encontrarse cara a cara con Dios. “Lamento decir que he cometido un error…” se queja el viejo gruñón antes de decirle que puede reencarnarle en un mundo de fantasía y, como recompensa, le permite llevarse su smarthphone. Y así comienza la aventura de Touya en un nuevo mundo pseudo-medieval y anacrónico. ¡Amigos! ¡Risas! ¡Lágrimas! ¡Inexpicable Deus ex Machina! El chico se embarca en un viaje lleno de cosas increíbles, viajando distraídamente de un lugar a otro, siguiendo cualquier objetivo que le atraiga. ¡Las cortinas se levantan en un cuento épico de espadas, brujería y… aplicaciones de smarthphone!
La historia está protagonizada por Mahmut, un joven miembro del consejo de la estratocracia Türkiye que mantiene el título político y militar de Pasha. Los continuos enfrentamientos entre amantes de la guerra y pacifistas terminan dividiendo el consejo y la amenaza del beligerante Imperio ha puesto seguridad de Türkiye en jaque. Como el líder militar más joven de la nación, Mahmut está decidido a mantener la paz, pero habiendo tanto en juego, una larga historia de enemistades y alianzas le termina llevando hasta un mundo político del que prefiere alejarse. El periplo del Pasha no será fácil y es posible que estalle la guerra a pesar de sus esfuerzos.
En la primera planta del sótano de un edificio situado en la esquina de un distrito comercial cerca de una zona de oficinas, hay una tienda. Se trata del restaurante “Youshoku no Nekoya” (“El restaurante gatuno de cocina occidental”), cuya puerta está adornada con la imagen de un gato. Fundado cinco décadas atrás, ha estado llenando los estómagos de los asalariados oficinistas. A pesar del título de “cocina occidental”, es un restaurante extraordinario con menús más allá de la cocina occidental que son ricos y suntuosos. Sin embargo, para personas “de ese mundo”, es aún más especial y único. Hay un secreto en Nekoya. Cada sábado, cuando el restaurante se toma el día libre, Nekoya está lleno de “clientes especiales”. Con el tintineo de la campanilla, se sirve la cocina más extravagante, maravillosa y deliciosa a petición de clientes de todo tipo de condiciones sociales, educación y etnia. Ciertamente, para los asalariados se trata de un lugar familiar con platos familiares. Sin embargo, para los “clientes del sábado” o “las personas de ese mundo”, es una cocina que nunca han visto y oído antes… es un “Restaurante de un mundo alternativo”.
Fate/Apocrypha tiene lugar en un mundo paralelo a Fate/Stay Night, donde el Santo Grial fue alejado de ciudad Fuyuki tras la Tercera Guerra. Una serie de sucesos marcarán el comienzo de una nueva Guerra Santa por el Grial en Trifas. Dos bandos se enfrentarán la “Facción Negra”, con miembros de Yggdramillennia y la “Facción Roja", con miembros de la Asociación de Magos y un miembro de la Iglesia.
Un otaku de los mechas ve cumplido su sueño al morir en un accidente y reencarnarse en otro mundo como Ernesti Echevarria, o simplemente Eru. Pues aunque comienza una nueva vida, sigue recordando su pasión y hará todo lo posible para poder pilotar un Silhouette Knight, un robot que existe en su nueva realidad.
Academia Hyakkaou, una prestigiosa escuela privada. Aquí, en esta academia, los estudiantes se dividen en estratos sociales. De pie por encima de todos los demás está el Consejo Estudiantil, que gobierna sobre los estudiantes con sus juegos de apuestas. Es el cielo si ganas, y el infierno si pierdes. Los adeptos a los juegos de azar son la envidia de todos, mientras que los débiles se quedan a sufrir la locura de la academia. Nuestro protagonista pertenece a la categoría de los débiles y queda endeudado convirtiendo su vida en un infierno. Una chica con un apetito casi sexual a las apuestas se transfiere a esta academia, su nombre es Jabami Yumeko y le pide a Suzui Ryouta que le enseñe los alrededores, qué le depara al futuro de nuestro protagonista y esta misteriosa chica.
La historia gira en torno a Shoko Nishimiya, una estudiante de primaria que es sorda de nacimiento y que al cambiarse de colegio comienza a recibir acoso escolar por parte de sus nuevos compañeros. Uno de los principales responsables es Ishida Shouya quien termina por forzar que Nishimiya se cambie de escuela. Como resultado de los actos contra Shoko las autoridades del colegio toman cartas en el asunto y el curso señala como único responsable a Ishida, quien comienza a sentir el acoso impuesto por sus propios compañeros, al mismo tiempo que termina aislándose de los que alguna vez fueron sus amigos. Años después, Ishida intenta corregir su mal actuar, buscando la redención frente a Nishimiya.
Trata de la vida de Akira Tsubaki un chico de secundaria, que un día se da cuenta de que la nueva estudiante transferida y anti-social de su clase, Mikoto Urabe, le ha dejado el escritorio lleno de babas mientras dormía, con lo que decide probar a qué saben sus babas. Al día siguiente este ha entrado en una terrible fiebre inexplicable, lo cual lo ha llevado a faltar varios días a la escuela. Un día Urabe visita a Tsubaki en su casa mencionando que ha sido asignada por el profesor para llevarle las tareas, con la excusa de entrar a su cuarto y ya allí le cuenta que no iba con la intención de llevarle las tareas, sino de otra cosa.
La Tierra es invadida por seres extra-dimensionales, conocidos como ?Los Nova?. Kazuya perdió a su hermana en la guerra que se desató contra estos seres, y decide enrolarse en Genetics, una academia militar donde se entrena a las guerreras conocidas como Pandoras, quienes, mediante la implantación en sus cuerpos de un tejido conocido como Stigmata, adquieren las habilidades necesarias para combatir a los invasores. Pero, no pueden combatir solas, necesitan una pareja, un chico joven llamado Limiter, que evite el efecto de ?Freezing? (Congelamiento, del espacio-tiempo en este caso) que es lo que sucede siempre que los Nova aparecen. Kazuya terminará siendo el compañero de Bridget L. Satellizer, conocida como ?La Reina Intocable?, ya que por su ferocidad y carácter insoportable, es la única Pandora que jamás ha sido capaz de tener una pareja estable. Juntos, se ayudarán mutuamente para tratar de sanar las heridas del pasado.
La historia de Kanokon gira alrededor de Kouta Oyamada, un joven de primer año de secundaria que se muda a la ciudad y se transfiere a la secundaria Kunpo. En su primer día en su nueva escuela, una hermosa chica de 2ndo año llamada Chizuru Minamoto le pide que la vea en el salón de música. Cuando el llega, ella le confiesa que ella en realidad es una zorra de naturaleza divina y desde ese día los dos empiezan a andar juntos. Nozomu es una chica de primer año en la escuela de Kouta, ella también es una loba de naturaleza divina enamorada de Kouta y es la rival de Chizuru por el afecto de Kouta