La historia gira en torno a Shoko Nishimiya, una estudiante de primaria que es sorda de nacimiento y que al cambiarse de colegio comienza a recibir acoso escolar por parte de sus nuevos compañeros. Uno de los principales responsables es Ishida Shouya quien termina por forzar que Nishimiya se cambie de escuela. Como resultado de los actos contra Shoko las autoridades del colegio toman cartas en el asunto y el curso señala como único responsable a Ishida, quien comienza a sentir el acoso impuesto por sus propios compañeros, al mismo tiempo que termina aislándose de los que alguna vez fueron sus amigos. Años después, Ishida intenta corregir su mal actuar, buscando la redención frente a Nishimiya.

El primer día de clase, Naho recibe una misteriosa carta de quien dice ser su yo del futuro, en la que se predice de forma exacta cada cosa que está a punto de pasarle. Además, la remitente le aconseja no llevar a cabo determinadas acciones. Haciendo caso omiso de ella, Naho invita al chico nuevo que acaba de llegar desde Tokio, Kakeru, a salir con sus amigos después del instituto. Pero algo terrible le ocurre a Kakeru ese día. Algo que podría no haber sucedido si hubiera vuelto antes a casa. Sabiéndolo, Naho decide comenzar a seguir las instrucciones que recibe desde un mundo futuro en el que Kakeru ya no existe. Pero hacer frente al presente sin dejar lugar para el arrepentimiento no resulta tan sencillo como debiera.

La historia está protagonizada por Arata Kaizaki, un hombre de 27 años, soltero y desempleado al que sus padres le dejan sin apoyo financiero. Incapaz de encontrar trabajo debido a que siempre abandonó sus empleos anteriores en menos de tres meses, no sabe qué hacer. Una noche, tras estar bebiendo con un viejo amigo del instituto, Arata conoce a Ryo Yoake, un hombre que le ofrece a Arata una pastilla que lo convertirá nuevamente en un adolescente de 17 años y así poder rehacer su vida. Tras acceder a hacer la prueba, Arata se une a una nueva clase en el instituto y conoce a Chizuru Hishiro, una preciosa chica pero muy silenciosa que anhela tener amigos. Arata tendrá que interactuar con la chica y el resto de sus nuevos compañeros de clase para descubrir qué le falta en su vida para ser feliz en el año que durará el efecto de la pastilla.

Oz Bezarius, heredero de una de las 4 casas del duque, ha cumplido 15 años. Su vida es de ricos y libre de preocupaciones, obscurecida sólo por la ausencia de su padre. Aunque en la ceremonia de su cumpleaños todo cambia, por ninguna razón que el pueda entender, es llevado a una prisión conocida como Abyss, para ser salvado por un Chain (criaturas originarias del abyss) con forma de un conejo negro manchado de sangre de nombre Alice, para ser integrado aun grupo de nombre Pandora.