El oficinista Yoshida ha estado enamorado de su compañera de trabajo, Airi Gotou, durante cinco años. A pesar de finalmente conseguir una cita con ella, su confesión es rápidamente rechazada. Borracho y decepcionado, se tambalea a casa, solo para encontrar a una chica de preparatoria sentada a un lado de la carretera. La chica, que necesita un lugar para pasar la noche, intenta seducir a Yoshida quien, a pesar de rechazar sus avances, la invita a su apartamento. A la mañana siguiente, la chica, presentándose como Sayu Ogiwara, revela que se ha escapado de Hokkaido hasta Tokio. Durante su juerga de seis meses, continuamente intercambió favores sexuales por un techo sobre su cabeza. Yoshida, sin embargo, no se deja convencer por su seducción. En cambio, le pide que haga un tipo de trabajo diferente, uno que implica lavar los platos y lavar la ropa. Y así, comienza una relación conmovedora entre un adulto desconsolado y una chica de preparatoria fugitiva.

La historia nos trasladará a un mundo en el que las hadas poseen y residen en animales, proporcionándoles poderes especiales. Extrayendo quirúrgicamente los órganos a uno de estos animales e implantándoselos a un humano, los humanos pueden invocar parcialmente a las hadas y usarlas como armas. Estos humanos participarán en las guerras y serán conocidos como "Soldados Hada". Tras el fin de una larga guerra, estos Soldados Hada pierden su propósito y deben reintegrarse en la sociedad, aunque no todos tomarán el camino de la justicia. Nueve años después del fin de la guerra conocemos a Marlya, una nueva recluta en Dorothea, una organización dedicada a investigar y contrarrestar crímenes relacionados con hadas. Aun en tiempo de paz, la inestabilidad de la guerra todavía afecta al gobierno. Muchos criminales cargan con heridas de la guerra y los grupos terroristas buscan venganza por los actos de entonces. Una historia de soldados hada persiguiendo su propia justicia en un mundo caótico que intenta dejar atrás un conflicto.

Nanako Yukishiro es una joven que solo puede comunicarse con los demás usando senryu, un estilo de poesía similar al haiku pero más orientado el humor. Eiji Busujima es un chico con aspecto intimidante pero que es miembro del club de literatura. La historia nos muestra las interacciones de esta peculiar pareja a base de versos de 17 sílabas.

Takuya Arima es un joven estudiante cuyo padre, un historiador que ha realizado varias investigaciones, desapareció recientemente. Durante las vacaciones de verano, Takuya recibe un paquete peculiar de su padre desaparecido, junto con una carta que contiene información sobre la existencia de varios mundos paralelos. Al principio, Takuya no lo toma en serio, pero pronto se da cuenta de que posee un dispositivo que le permite viajar a dimensiones alternativas. ¿Está vivo su padre, después de todo? Si es así, ¿dónde está?

La historia de "Steins;Gate" toma lugar en Akihabara y trata acerca de un grupo de amigos que modificaron su microondas conviertiendolo en un dispositivo que puede mandar mensajes de texto al pasado. Mientras realizan diversos experimentos, una organizacion llamada SERN, que ha estado realizando su propia investigacion sobre viajes en el tiempo, los localiza y ahora los personajes deben buscar una manera de evitar ser capturados por ellos.

La adaptación al ánime difiere enormemente del manga, así pues Ga-Rei: Zero comienza con la historia del Ministerio de Defensa y su Cuarta División Especial, enfrentando a las diversas categorías A-D y a una nueva Categoría A, también encontraremos al Ministerio del Ambiente y su División, Kagura descendiente de la familia Tsuchimiya, una familia de exorcistas, pertenece a esta División, ella junto con su "hermana" Yomi Isayama, sin embargo tras diversos sucesos, pasa algo que cambiará el rumbo de los miembros.

Kagami Oori (Ouri), un huérfano, una noche descubre la existencia de los Shikabanes (Cadáveres, pero que tienen un lazo que los une a este mundo) al encontrar a una chica (Hoshino Makina) muerta en un templo, la cual es "resucitada" frente a sus ojos, resultando ser una Shikabane Hime. Su hermano adoptivo, Tagami Keisei, es un sacerdote del culto Kougon, quienes crean a las Shikabane Himes para luchar contra de los Shikabanes. Si una Shikabane Hime elimina a 108 Shikabanes, podrá ir al cielo y descansar en paz... pero ese no es el objetivo de Makina.

Mishishio Nagasumi decide irse de vacaciones a la playa para visitar a su abuela. Dentro del agua, y alejado de la orilla, un calambre en la pierna causa que esté a punto de ahogarse; sin embargo, una sirena llamada San le salva la vida. Debido al código de honor existente entre tritones, sirenas y humanos una de las partes debe morir. Para evitar esto, San, le propone casamiento a Nagasumi; sin embargo su padre, mafioso al estilo yakuza, expresando su total desacuerdo, le hará sufrir mil desventuras a su futuro yerno.