La historia gira en torno a Shoko Nishimiya, una estudiante de primaria que es sorda de nacimiento y que al cambiarse de colegio comienza a recibir acoso escolar por parte de sus nuevos compañeros. Uno de los principales responsables es Ishida Shouya quien termina por forzar que Nishimiya se cambie de escuela. Como resultado de los actos contra Shoko las autoridades del colegio toman cartas en el asunto y el curso señala como único responsable a Ishida, quien comienza a sentir el acoso impuesto por sus propios compañeros, al mismo tiempo que termina aislándose de los que alguna vez fueron sus amigos. Años después, Ishida intenta corregir su mal actuar, buscando la redención frente a Nishimiya.

El primer día de clase, Naho recibe una misteriosa carta de quien dice ser su yo del futuro, en la que se predice de forma exacta cada cosa que está a punto de pasarle. Además, la remitente le aconseja no llevar a cabo determinadas acciones. Haciendo caso omiso de ella, Naho invita al chico nuevo que acaba de llegar desde Tokio, Kakeru, a salir con sus amigos después del instituto. Pero algo terrible le ocurre a Kakeru ese día. Algo que podría no haber sucedido si hubiera vuelto antes a casa. Sabiéndolo, Naho decide comenzar a seguir las instrucciones que recibe desde un mundo futuro en el que Kakeru ya no existe. Pero hacer frente al presente sin dejar lugar para el arrepentimiento no resulta tan sencillo como debiera.

"Boku dake ga Inai Machi" es una serie de ciencia ficción que cuenta la historia de Satory Fujinuma, un autor de manga sin mucho éxito que sufre de un peculiar fenómeno conocido como Resucitación en el cual se transporta a la fuerza atrás en el tiempo hasta el momento anterior de que ocurra algo que supone un peligro para una vida. Satoru no tarda en descubrir que el fenómeno persiste hasta que la causa de la amenaza desaparece.

Jun es una chica que se ha quedado sin habla. Hace tiempo fue una chica muy feliz, pero debido a cierta cosa que dijo cuando era muy joven, su familia quedó destrozada. Un día, apareció una hada que le quitó la habilidad para hablar para que no hiciese daño a nadie más. Desde esa traumática experiencia, Jun vive en las sombras, alejada de los centros de atención. Pero un día, es nominada a convertirse en miembro ejecutivo del consejo de la comunidad. Y además de esto, Jun también es la elegida para interpretar a la protagonista de su musical...

Gouda Takeo es un estudiante de primer año de preparatoria. Aproximadamente, pesa 120 kg y mide 2 metros de alto. Él pasa sus días pacíficamente con su súperpopularconlaschicas pero insensible amigo de la infancia, Sunakawa. Una mañana, en el tren camino hacia la escuela, Takeo salva a una chica llamada Yamato que estaba siendo acosada por un pervertido. ¿Podría ser este el inicio de la primavera para Takeo?

El padre Momozono Nanami, un hombre con afición por el juego, desapareció después de acumular una gran cantidad de deudas por lo tanto su hija fue expulsada de su casa por cobradores. Cuando ayudo a un chico tímido que era perseguido por un perro, este le dijo que le daría su casa. Ella creyó en sus palabras, pero cuando fue a su casa, resulto ser un santuario. Además, un tipo con orejas de zorro llamado Tomoe apareció, el cual estaba esperando al anterior dueño por 20 años. Esto confunde mas a Nanami...