La Academia Pico de Esperanza es una escuela especial, reconocida por el gobierno, fue establecida para reunir a los estudiantes élites en excelencia en distintos campos. Esta escuela tiene dos cursos: El curso principal, y el curso de preparatoria. Cualquiera con dinero puede entrar al curso de preparatoria, incluso si no tienen habilidades especiales. La clase 77 del curso principal está lleno de estudiantes que no solo tienen habilidades únicas, si no también personalidades únicas. Sin embargo, los estudiantes aprenden que "El talento no es lo más importante en la vida; si no involucrarse con gente y hacerte mejor persona haciendo recuerdos". Pero, aunque saben que es un misterioso proyecto, la discriminación de los cursos suceden bajo sus narices. Hajime Hinata, es un chico de preparatoria que ansía una habilidad. Una reunión predestinada conduce el futuro de la escuela a una dirección inimaginable. Esta es la historia de lo sucedido durante " La más grande, la más terrorífica, y más trágicos eventos en la historia humana." Esta es una historia que termina en desesperación.

El mundo estuvo cerca de ser destruido por Desesperación Definitiva, quien causó "los más grandes, los más terroríficos, los más trágicos eventos en la historia humana."Para salvar a este mundo de los eventos de caes, la Fundación Futuro fue creada. Aunque la organización continua sus actividades para restaurar el mundo, Makoto Naegi bajo sospecha de traición debido a que protege a un sobreviviente de la Desesperación. Los miembros de la Fundación Futuro se reúnen para decidir su castigo, pero todos ellos terminan atrapados dentro del lugar donde se encontraron con Monokuma, quien demanda el inicio del "Asesinato Final." Ellos tienen extraños brazaletes en sus muñecas, y les dan tranquilizantes cuando un cierto tiempo llega. Para empeorarlo, aparentemente hay un traidor real dentro de ellos, que vino a matar a los miembros de la Fundación Futuro. En este juego donde las pruebas de clase no existen, la única forma de encargarse del traidor es encontrarlo y matarlo. Naegi es forzado a enfrentar el juego a muerte definitivo, donde es matar o ser matado. Una historia de desesperación donde la esperanza asesina la esperanza inicia.

La historia se desarrollará en Endra, un mundo desconocido bajo la superficie de la Tierra. Es un mundo completamente diferente en el que la gigante Adamas brilla en lo alto. Shun Asanaga es un estudiante de secundaria corriente de quince años, pero muy positivo, y que vive en la “Tierra de arriba”. Ha descubierto un misterioso cristal en la compañía de investigación científicia de su padre, y cuando lo toca, se transporta a Endra. Allí conoce al príncipe Emirio, que odia al Rey Deurzai y acaba de cumplir los 16 años. Tiene edad para ascender al trono y blande un arma para poder buscar venganza, pero la diferencia de fuerza entre él y el rey al que odia, es insuperable para él. Capturado y hecho prisionero por Deruzain, Emirio ha perdido la esperanza. En ese momento, los muros de la prisión se distorsiona y Shun aparece entre ellos. Dos jóvenes que viven en Endra: uno que quiere volver a su antiguo mundo y uno que busca venganza.

Después de derrotar a Majin Buu, la vida vuelve a ser tranquila una vez más. Goku vuelve a trabajar otra vez ya que Chichi le ordena que gane dinero, aunque él quiere seguir entrenando. Mientras, Goten, a punto de convertirse en cuñado de Videl, se embarca en un viaje con Trunks para encontrar un regalo para ella.

Un grupo de 15 estudiantes de secundaria que sobresalen en sus propios campos (ej:shaman, deportista, Idol) son invitados a la Academia Hope Peak, una secundaria que solo acepta lo mejor de lo mejor. Graduarse de esta academia significa éxito asegurado en la vida. Poco después de llegar, los estudiantes se ven atrapados en la escuela, con todas las entradas y ventanas selladas, por un sádico oso de peluche llamado "Monokuma", quien ha tomado control de las instalaciones y les da dos opciones a los estudiantes: 1) Vivir por el resto de sus vidas dentro de las paredes de la escuela, o, 2) intentar escapar de esta "graduándose". Para graduarse un estudiante tiene que realizar un "Asesinato perfecto", matando a uno de sus compañeros sin ser descubierto por el resto de los estudiantes. Si el culpable es descubierto, este será "castigado". Si se sale con la suya, el quedara en libertad y el resto de los estudiantes serán "castigados".