En el año 1600, la decisiva batalla de Sekigahara se llevó a cabo. En la prefectura de Satsuma, el comandante de la familia militar Shimazu, Toyohisa Shimazu, logró escapar de las garras de la muerte después de retirarse del campo de batalla y perderse por las montañas. En medio del aguacero, termina metiéndose en un cuarto que era como una especie de pasillo infinito con muchas puertas. En este lugar, Toyohisa es lanzado por una de las puertas sin antes poder preguntarle nada al hombre misterioso, Murasaki. Ahora está en un mundo regido por el reinado Orte. Este es un mundo donde los humanos viven junto a los demi-humanos. Junto a los héroes de guerra Nobunaga Oda y Yoichi Nasu que han llegado de igual forma pero de otros tiempos, Toyohisa deberá aplicar su habilidad de samurai para enfrentar el campo de batalla de este nuevo mundo.

En un futuro próximo, es posible medir de forma instantánea el estado mental de una persona, la personalidad y la probabilidad de que dicha persona vaya a cometer delitos con un dispositivo instalado en el cuerpo llamado Psycho-Pass.

El cuarto primogénito, el vampiro más poderoso que sólo existe en el mundo de las leyendas, y cuando este domine los 12 kenju, la propagación de la catástrofe de los vampiros aparecerá en Japón. Con el fin de observar y eliminar al "Cuarto Primogénito", la organización gubernamental Lion ha decidido enviar a un mago de ataque, un “sword shaman” para completar la tarea. Sin embargo, sin saberlo, la persona que fue seleccionada para observarlo es en realidad una chica aprendiz de "sword shaman", Himeragi Yukina.

10 años antes de lo eventos de Fate/Stay Night, toma lugar la cuarta Guerra del Santo Grial, Emiya Kiritsugo, aliado con la familia Einzbern, recibe la funda de la espada sagrada e invoca al servant Saber, decidido a eliminar a sus enemigos y alcanzar el Grial.