La historia está protagonizada por un chico inhumano que camina por la línea que separa el mundo humano del sobrenatural.

Un mundo en el que muchas islas flotan en los cielos es el hogar de un muchacho llamado Gran y de un lagarto alado parlante llamado Vyrn. Ambos viven en Zinkenstill, una isla repleta de misterios, donde un día se encuentran con una chica llamada Lyria. Lyria ha escapado del Imperio Erste, una potencia militar que intentar dominar el mundo usando su superioridad militar sin parangón. Para poder escapar del Imperio, Gran y Lyria se aventurarán por los infinitos cielos de su mundo y buscarán al padre de Gran gracias a una carta que esté le dejó: "Te estaré esperando en Estalucia, la Isla de las Estrellas".

Gon Frecks,un niño de 12 años,vive con su tia Mito y su abuela en Isla Ballena, huérfano de madre y según su tía también de padre. Un día Gon es atacado por un oso del bosque, pero es salvado por un cazador quien le explica que está en busca de su maestro para así convertirse en un cazador, el es quien le dice que su padre Gin esta vivo. Enterado de esto Gon decide convertirse en cazador para poder encontrar a su padre.

Shinozaki Mikoto es un chico de secundaria, el cual no tiene confianza en si mismo, abusan de él y la suerte con las mujeres le va de mal en peor. Un día se encuentra con una chica de su escuela que trata de animarlo a entrar al Club de Ciclismo, ya que su hermano le dará dinero si recluta gente. ¿Será este un punto de inflexión en la vida de Shinozaki?