Hace mucho tiempo, toda la humanidad vivió una vez en el mar. Sin embargo, el mundo es ahora el hogar de dos tipos de personas: los que optaron por abandonar el mar, deshaciéndose de la ropa especial brindada por el Dios del mar, y aquellos que optaron por quedarse. Los pensamientos entre las personas del mar y las personas de la tierra se volvieron tan distantes como los sitios en donde vivían, y deteriorados por el incontable paso del tiempo, olvidaron que alguna vez fueron el mismo pueblo. Una historia entre el mar y la tierra. Manaka Mukaido y Hikari Sakishima, residentes del mar, son amigos desde su infancia, quienes junto a sus amigos Chisaki Hiradaira y Kaname Isaki, decidirán asistir a una escuela en la tierra debido a problemas en su escuela del mar. Pero un encuentro especial, y una serie de acontecimientos, darán un giro en sus vidas.

Meimi Haneoka, de 14 años, es una chica normal durante el día, pero en la noche se convierte en la ladrona Saint Tail, quién le roba a los ladrones y les devuelve los objetos a sus verdaderos dueños. Meimi tiene la ayuda de su amiga, Seira Mimori, una hermana religiosa en entrenamiento, sin embargo, Saint Tail tiene a su compañero y futuro detective Daiki Asuka (llamado también "Asuka Jr.", hijo de un famoso detective), persiguiéndola insistentemente.

En Room Mate el espectador toma el rol en primera persona de la casera de un dormitorio masculino en el que conocerá a tres chicos.