En la historia, Subaru Natsuki es un estudiante corriente de instituto que se pierde en un mundo alternativo, donde una preciosa chica de pelo plateado lo rescata. Para devolverle el favor decide quedarse con ella, pero el destino con el que carga la muchacha es mucho más pesado de lo que Subaru puede imaginar. Los enemigos atacan sin descanso, uno tras otro, hasta que finalmente mueren tanto él como la chica. Es entonces cuando Subaru descubre que tiene el poder de dar marcha atrás en el tiempo y volver al inicio de la historia, al punto en el que llegó al mundo desconocido. El problema es que él es el único que recuerda lo ocurrido.

La comedia romántica de instituto gira en torno a un estudiante de secundario llamado Sorata Kanda, el cual vive en el Sakurasou, el dormitorio para chicos problemáticos del instituto. Un día, Mashiro Shiina, una chica monísima que encima es una brillante artista, se muda a vivir a dicho dormitorio. Sorata decide que debe proteger a la aparentemente frágil Mashiro de la gentuza del Sakurasou, y resulta que no se equivoca: Mashiro no tiene ni idea de cómo cuidar de sí misma. Se pierde cuando sale a la calle, no sabe doblarse la ropa y tiene la habitación hecho un desastre. Al final los muchachos del Sakurasou consideran a Sorata como el ?dueño? de Mashiro, y habrán de vivir en el dormitorio bajo la idea de que todos les vean como ?dueño y mascota?.

Shizuku Mizutani es una chica a la que no le interesa nada aparte de sus estudios y sus planes de futuro. Haru Yoshida es un chico que está siempre ausente y al que cuando un día Shizuku le toque llevarle los deberes a su casa, se creerá que ella quiere ser su amiga. Por cosas de la vida, ella descubre que él no es tan malo como le pintan en el instituto y acabará siendo más amable con él? hasta que él decide declararle su amor.

La historia se desarrolla en Tokyo, durante el año 2039, 10 años después que un virus llamado ?Lost Christmas? atacase Japón, que ahora se encuentra controlado por la organización de varias naciones llamado GHQ. Ohma Shu tiene 17 años y tiene poderes especiales, la Habilidad del Rey, con el que suele tomar armas y herramientas de sus amigos. Aunque ha estado evitando meterse en problemas, eso cambiará cuando conozca a una chica llamada Yuzuriha Inori,miembro de la resistencia.