Después de derrotar a Majin Buu, la vida vuelve a ser tranquila una vez más. Goku vuelve a trabajar otra vez ya que Chichi le ordena que gane dinero, aunque él quiere seguir entrenando. Mientras, Goten, a punto de convertirse en cuñado de Videl, se embarca en un viaje con Trunks para encontrar un regalo para ella.

Pasados dos años y medio de entrenamiento con Jiraiya, Naruto Uzumaki regresa a la aldea oculta de la hoja, donde se reúne con sus viejos amigos y conforma de nuevo el Equipo 7. Debido a la ausencia de Sasuke, aparece un nuevo personaje llamado Sai el cual retoma su lugar. En esta secuela podremos notar como los compañeros de Naruto han madurado con respecto a su desempeño previo, mejorando la mayoría de estos en su nivel. Durante su entrenamiento con Jiraiya, Naruto aprendió a controlar un poco de la chacra del Kyubi. Lo contrario a la serie original, dónde sólo desempeñó un papel secundario, la organización Akatsuki asume el papel antagónico principal en Naruto Shippuden, buscando como objetivo principal el capturar a todos los poderosos monstruos Biju.

La historia trata de Jaden Yuki , quien hace su examen para entrar en la Academia de Duelos, donde se aprende a jugar el Duelo de Monstruos para llegar a convertirse en el Rey de los Juegos.La academia está dividida en tres cuartos: Obelisco Azul, Ra Amarillo y Slifer Rojo y el Cuarto Blanco(usado por los adeptos de Sartorius, el cual solo aparece en la 2da temporada). Al ir a su examen, Jaden se tropieza con un adulto Yugi Muto, quien le regala la carta, Kuriboh Alado. A pesar de llegar un poco retrasado, a Jaden se le permite hacer el examen de ingreso, tocándole como rival el Dr. Crowler, uno de los profesores de la academia de duelo, quien cuenta con un doctorado en duelos. A pesar de que Crowler parece llevar la ventaja desde el principio, Jaden logra vencerlo y así ingresar. A pesar de haber vencido a Crowler, Jaden es enviado a Slifer Red debido a sus malas calificaciones en el examen teorico.

Yu-Gi-Oh (Significa Rey de los Juegos), Su personaje principal Yugi M?t? en compañía de sus mejores amigos Katsuya Jonouchi (Joseph Wheeler), Anzu Mazaki (Téa Gardner), y Hiroto Honda (Tristán Taylor), pero también tiene la compañía de un espíritu de un Antiguo Faraón "Atem"; tienen aventuras que están estrechamente ligadas a un juego de cartas "Duelo de Monstruos", un juego ligado con el pasado de egipto el cual se jugaba en tiempos antiguos y que es descubierto por Pegasus J. Crawford (maximilian Pegasus), este es el creador de el Juego "Duelo de Monstruos" tomando como base lo que paso en egipto hace mucho tiempo. Del juego se crean torneos y campeonatos nacionales e internacionales, participando Yugi M?t? obteniendo el titulo de "Rey de los Juegos". Yugi M?t? y su contraparte el Antiguo Faraón "Atem" se enfrentan a muchas vicisitudes ocasionadas por enemigos en su mayoia del pasado de el faraon, teniendo el faron con la ayuda de Yugi la labor de detenerlos.

Una historia épica de piratas, donde narra la historia de "Monkey D. Luffy" quien cuado tenia 7 años, comió accidentalmente una "Akuma no mi"(Futa del diablo) la cual le dio poderes de goma. Por otra parte "Gol D. Roger" conocido como "El rey de los Piratas" quien fuera ejecutado por la Marine, habló antes de morir, acerca de su famoso tesoro "One Piece" escondido en la "Gran line". Esta noticia desato la gran era de la piratas lanzando a incontables piratas a ese lugar, en busca de "One Piece" el tesoro perdido. Diez años después, Luffy inspirado en "Gol D. Roger" y un pirata de nombre Akagami no Shanks (Shanks el pelirrojo) se convierte en pirata deseando ser el próximo "Rey de los Piratas" y zarpar para conocer amigos y tener aventuras con ellos, teniendo como meta encontrar el "One Piece".