Masamune Izumi es un estudiante de instituto además de un autor de novelas ligeras con una hermana, Sagiri Izumi. Sagiri es una hikikomori que no sale que su cuarto y a la que Masamune tiene que prepararle la comida a diario cuando ésta golpea el suelo de su habitación. Masamune lucha cada día para que su hermana se abra al mundo exterior, puesto que ambos son la única familia que tienen. Como toda novela ligera que se precie, requiere de un ilustrador y en el caso de las novelas de Masamune se trata de un misterioso dibujante bajo el seudónimo de “Ero Manga Sensei”, que hace unas alucinantes ilustraciones eróticas. Masamune le está muy agradecido por su trabajo, aunque él mismo no lo conoce en persona y cree que tiene que ser un otaku de lo más grimoso. Pero, un buen día, la verdad acaba saliendo a la luz y dejando a Masamune perplejo, ¡el salido Ero Manga Sensei no es otro que su mona hermanita! Entre ellos además se entrometerá una popularísima y guapísima escritora que pondrá la casa de los Izumi patas arriba.

La “historia de milagros y amor” gira en torno a Mitsuha y Taki. Mitsuha es una estudiante de secundaria que vive en un pueblo rural situado en las montañas. Su padre es el alcalde y no pasa mucho por casa, ella vive con su hermana pequeña estudiante de primaria y su abuela. Mitsuha tiene una personalidad honesta, pero a ella no le gustan las costumbres del santuario sintoísta de su familia, ni ella ni su padre participan en una campaña electoral. Ella se lamenta de que vive confinada en un pueblo rural y anhela el maravilloso estilo de vida de Tokio. Taki es un estudiante de secundaria que vive en el centro de Tokio. Él pasa su tiempo junto a sus amigos, trabajando a tiempo parcial en un restaurante italiano y está interesado en la arquitectura y las bellas artes. Un día, Mitsuha tiene un sueño en el que ella tiene el cuerpo de un hombre joven. Taki también tiene un sueño parecido y en el que él es una estudiante de secundaria en un pueblo en las montañas en él que nunca ha estado. ¿Cuál es el secreto de sus sueños?

La historia de Kono Bijutsubu ni wa Mondai ga Aru! gira en torno a un club de arte de instituto formado por una chica con mucho sentido común, un chico cuya única inspiración es crear la novia perfecta en 2D y su presidente, quien siempre está durmiendo.

El joven Seita y su pequeña hermana Setsuko son hijos de un oficial de la marina japonesa. Durante la Segunda Guerra Mundial, ambos viven con su madre, pero un día, en un bombardeo, ellos se retrasan y no consiguen llegar al bunker donde ella los espera. Después del bombardeo los dos hermanos buscan a su madre, y Seita la encuentra muy malherida en la escuela que ha sido convertida en un hospital de urgencia. Poco después la madre muere y, tras una breve estancia en casa de su tía, ambos vagarán sin casa y sin rumbo, en una época donde la comida y la ayuda escasean.