La historia gira en torno a Fudou Nomura, un joven que es enviado a la Academia Privada Aichi Symbiosis. Originalmente, la academia era exclusiva para chicas de la alta sociedad. Sin embargo, al volverse mixta, las chicas presas del miedo solicitaron portar armas dentro de la escuela. Tras recibir la aprobación, fue fundada la “Five Ruling Swords”, una organización cuyo fin es el de proteger a las chicas y corregir a los estudiantes “problemáticos”. Poco después de haber ingresado, Fudou se convierte rápidamente en el objetivo de Rin Onigawara, miembro de las Five Ruling Swords. Para intentar librarse de ellas, Fudou deberá derrotar a cada una de las “espadas”.

Kido Tatsuhiko se mudó a Tokio para asistir a una escuela de arte y comenzar su nueva vida. En su nueva sala, hay un pequeño agujero en la pared. Al principio no se puede ver nada a través del pequeño agujero, pero una noche, asomándose a través del agujero, vio a una niña. Así es como empieza su nueva vida.

La historia sigue a Kon Hokaze,un chico que se embarca en un viaje desde nuestro mundo hasta un mundo alternativo conocido como Mira y que está repleto de una misteriosa energía llamada Alma. Tras salvar a la princesa Ecarlate de unos atacantes,acaba metido en mitad de una refriega en torno al Alma.

Taiki Kudou es un estudiante de septimo grado prodigio, q siempre lo gana todo. Un dia el escucha una voz misteriosa que le pide ayuda y empiezan a ocurrir sucesos extraños en ese momento, al encontrar al que le pide ayuda, Shoutmon un Digimon Melodia, se le aparece en frente de el "LoaderXross" (digivice de esta temporada) y lo elige para poder salvar el digimundo. Fue así que Taiki junto a sus amigos Akari Hinomoto y su rival Zenjirou Tsurugi se lanzan a un universo paralelo, el mundo digital (Digimundo) para asi poder ayudar a Shoutmon y a sus amigos Digimon para poder formar un ejercito para la guerra "Xross Wars" y asi salvar al digimundo de las nuevas fuerzas del mal que lo amenazan...

La humanidad es obligada a vivir bajo la superficie pasando asi muchos siglos, llegando a olvidarse y convirtiendo en una leyenda la vida en la superficie. Asi se crean pequeñas colonias excavando por distintos lugares y tratando de escapar de los terribles terremotos. En una de esas colonias vive Simon, uno de los mejores excavadores, que en unos de los agujeros encuentra una extraña llave en forma de torno. Si bien todos se mofan de Simon por ser muy raro y de poca autoestima, el único que lo respalda siempre es Kamina quien lo invita a ir hacia la superficie. Por supuesto el Jefe de la colonia prohibe esta acción que se supone que es tabú para la gente y encierra a Kamina. En una excavación nocturna, Simon encuentra esta vez un mecha en forma de cara y corre hacia Kamina para mostrárselo, pero de repente un enorme robot con forma de cara cae desde la superficie y al igual una misteriosa chica que lo ataca con su rifle. Simon, Kamina y la chica (Yoko) tratan de escapar y Simon los conduce a su descubrimiento, ahi le dice a Kamina que lo maneje para derrotar al robot sin embargo, Kamina le responde que esa mecha le pertenece y por lo tanto él debería manejarlo... entre idas y vueltas los 3 entran en la cabeza y ante un impulso de Kamina junto con la ayuda de Yoko, Simon logra de algún modo derrotar a la enorme cara; no solo eso sino que son explusado hacia la superficie...Alli Simon y Kamina descubre un maraviloso mundo para ellos pero también se encuentra con la sorpresa de que en la superficie un grupo de Ganmen (Mechas con forma de cara) que atacan a los humanos que suben a la superficie

Después de recibir un mensaje en sus celular Takuya es llevado por un tren al Digiworld junto con otros 4 niños, Koji, Zoe, J.P. y Tommy, allí son guiados por Bokomon y Naemon para encontrar los digispirits que les permitirán a Takuya y sus amigos digievolucionar en los guerreros legendarios y asi enfrentar a Cherubimon