La historia se desarrolla en un mundo el cual fue destruido y más tarde reconstruido utilizando mecanismos de relojería. Un día, fuera de la casa de un joven de instituto de nombre Naoto Miura, cae de repente una extraña caja, en cuyo interior se encuentra una chica autómata. Un interminable ciclo de fracaso y éxito. Un mundo variable y una humanidad invariable. Momentos en que la realidad y la fantasía gritan, ¡el encuentro entre ellos dos provocará que los engranajes del destino comiencen a moverse!
En esta historia de acción y fantasía, nos ponemos en la piel de Guren, un profesor a tiempo parcial en una escuela de magia. Sin embargo, sus métodos de enseñanza son algo particulares: al llegar a clase escribe en la pizarra “Estudio personal” y se echa una siesta. Una de sus estudiantes, Sistina, no puede tolerarlo y le reta a un duelo que el profesor pierde. Sin embargo, cuando la escuela se ve amenazada, Guren muestra una determinación inquebrantable por proteger a sus estudiantes.
La historia gira en torno a Shoko Nishimiya, una estudiante de primaria que es sorda de nacimiento y que al cambiarse de colegio comienza a recibir acoso escolar por parte de sus nuevos compañeros. Uno de los principales responsables es Ishida Shouya quien termina por forzar que Nishimiya se cambie de escuela.
Como resultado de los actos contra Shoko las autoridades del colegio toman cartas en el asunto y el curso señala como único responsable a Ishida, quien comienza a sentir el acoso impuesto por sus propios compañeros, al mismo tiempo que termina aislándose de los que alguna vez fueron sus amigos.
Años después, Ishida intenta corregir su mal actuar, buscando la redención frente a Nishimiya.
Después de derrotar a Majin Buu, la vida vuelve a ser tranquila una vez más. Goku vuelve a trabajar otra vez ya que Chichi le ordena que gane dinero, aunque él quiere seguir entrenando. Mientras, Goten, a punto de convertirse en cuñado de Videl, se embarca en un viaje con Trunks para encontrar un regalo para ella.
Escapar es imposible hasta terminar el juego; un game over significaría una verdadera "muerte". Sin saber la "verdad" de la siguiente generación del Multijugador Masivo Online, 'Sword Art Online(SAO)', con 10 mil usuarios unidos juntos abriendo las cortinas para esta cruel batalla a muerte. Participando solo en SAO, el protagonista Kirito ha aceptado inmediatamente la "verdad" de este MMO.
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Y, en el mundo del juego, un gigante castillo flotante llamado 'Aincrad', Kirito se distinguió a si mismo como un jugador solitario. Apuntando a terminar el juego al alcanzar la planta mas alta el solo continua avanzando arriesgadamente hasta que recibe una invitación a la fuerza de una guerrera y esgrimista experta, Asuna, con la cual tendra que hacer equipo.
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