Yuzu es una gal que se transfiere a una nueva escuela cuando su madre se casa de nuevo. Su primer objetivo es encontrar un nuevo novio, pero la escuela a la que la transfieren es una escuela femenina, lo que echa por tierra sus planes. En su primer día conoce a la presidenta del consejo de estudiantes, Mei, de la peor forma posible. Mei es una clásica belleza japonesa de cabello largo, negro y sedoso, pero también tiene un carácter muy duro. Todo se complica cuando Yuzu descubre que Mei será su nueva hermanastra. Pero así como los polos opuestos se repelen, también se atraen.

La “historia de milagros y amor” gira en torno a Mitsuha y Taki. Mitsuha es una estudiante de secundaria que vive en un pueblo rural situado en las montañas. Su padre es el alcalde y no pasa mucho por casa, ella vive con su hermana pequeña estudiante de primaria y su abuela. Mitsuha tiene una personalidad honesta, pero a ella no le gustan las costumbres del santuario sintoísta de su familia, ni ella ni su padre participan en una campaña electoral. Ella se lamenta de que vive confinada en un pueblo rural y anhela el maravilloso estilo de vida de Tokio. Taki es un estudiante de secundaria que vive en el centro de Tokio. Él pasa su tiempo junto a sus amigos, trabajando a tiempo parcial en un restaurante italiano y está interesado en la arquitectura y las bellas artes. Un día, Mitsuha tiene un sueño en el que ella tiene el cuerpo de un hombre joven. Taki también tiene un sueño parecido y en el que él es una estudiante de secundaria en un pueblo en las montañas en él que nunca ha estado. ¿Cuál es el secreto de sus sueños?

Extraños asesinatos se están sucediendo uno tras otro en Tokyo. Debido a las pruebas encontradas en las escenas, la policía concluye que los ataques son obra de ghouls que se comen a las personas. Kaneki y Hide, dos compañeros de clase, llegan a la conclusión de que si nadie ha visto nunca a esos necrófagos es porque toman la apariencia de seres humanos para ocultarse. Poco sabían entonces de que su teoría sería más cierta de lo que pensaban cuando Kaneki es herido de gravedad por un monstruo y comienza a atraerle cada vez más la carne humana…

La serie tiene lugar en Tokio después de que un terremoto de magnitud 8.0 en la escala de Richter sacuda la ciudad; Como resultado de ello, la torre de Tokio, el puente arcoiris y otros lugares característicos han sido destruidos. Seguirá la historia de los hermanos Onozawa, Mirai y Yuuki, que en aquél momento se encontraban visitando una exposición sobre robots en Odaiba con motivo de sus vacaciones de verano, y cómo luchan por llegar a su casa en Setagaya, donde se encuentra su madre. Ésta ha sido atendida por su parte por una chica llamada Mari Kusakabe.