Trata sobre un joven de escuela preparatoria llamado Shinichi Kudo, que un día mientras estaba en un parque de atracciones siguió a unos hombres vestidos de negro que estaban haciendo tratos ilegales. De pronto uno de ellos coge a Shinichi por la espalda, lo golpea con un bate y lo droga con una pastilla que en teoría lo llevaría a su muerte. Pero esa pastilla tenía unos efectos secundarios: en vez de morir, encoge. Allí es cuando Shinichi Kudo de 17 años pasa a ser Conan Edogawa, de 7 años, un niño con mente de un adulto que busca la única y sola verdad.
Yusuke Urameshi, un chico de catorce años un poco gamberro es atropellado por un coche cuando intentaba salvar la vida de un niño pequeño. Al ser atropellado, no sobrevive y muere. Entonces es cuando Botan le dice que su muerte no estaba prevista asi que no va ni al cielo ni al infierno, por lo cual se queda en la tierra como fantasma. Botan le dice de hacer una prueba para volver a la vida, la consigue superar y entonces es cuando le encomiendan la tarea de ser detective espiritual, con lo cual tendrá que resolver varios casos utilizando poderes espirituales que le dan.
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