El protagonista de Persona 5 tiene antecedentes penales, algo que marca su día a día incluso tras mudarse a Yongenyaja, barrio cercano a la metrópolis de Shibuya en Tokio. En el instituto Shujin también lo tendrán fichado como “chico problemático” pero, para su desgracia, se verá envuelto en un incidente que puede conseguir que lo expulsen del centro. Al mismo tiempo, el protagonista y otro compañero implicado, Ryuji Sakamoto, se ven transportados al mundo del subconsciente gracias a una misteriosa aplicación de navegación que aparece en sus móviles y allí conocerán a Morgana, un extraño ser con forma de gato que dice haber perdido sus recuerdos, y conseguirán la habilidad de invocar Personas. Desde este mundo del subconsciente, los tres junto a la ayuda de An Takamaki, otra compañera del instituto, tendrán que robar el tesoro del Palacio creado por el subconsciente del verdadero culpable y así hacer que admita su culpabilidad en el mundo real. Este será sólo el inicio de los llamados ladrones fantasma de corazones, quienes prometen limpiar el mundo de los adultos corruptos.

La historia sigue las peculiares aventuras de dos singulares personajillos: Hakumei y Mikochi. Estos seres, de unos nueve centímetros de altura aproximadamente, viven en el bosque. Han hecho de la naturaleza su casa, y es por eso que viven en el interior de un árbol al que llaman hogar.

La “historia de milagros y amor” gira en torno a Mitsuha y Taki. Mitsuha es una estudiante de secundaria que vive en un pueblo rural situado en las montañas. Su padre es el alcalde y no pasa mucho por casa, ella vive con su hermana pequeña estudiante de primaria y su abuela. Mitsuha tiene una personalidad honesta, pero a ella no le gustan las costumbres del santuario sintoísta de su familia, ni ella ni su padre participan en una campaña electoral. Ella se lamenta de que vive confinada en un pueblo rural y anhela el maravilloso estilo de vida de Tokio. Taki es un estudiante de secundaria que vive en el centro de Tokio. Él pasa su tiempo junto a sus amigos, trabajando a tiempo parcial en un restaurante italiano y está interesado en la arquitectura y las bellas artes. Un día, Mitsuha tiene un sueño en el que ella tiene el cuerpo de un hombre joven. Taki también tiene un sueño parecido y en el que él es una estudiante de secundaria en un pueblo en las montañas en él que nunca ha estado. ¿Cuál es el secreto de sus sueños?