Ghost in the shell ARISE es la precuela de la serie original (manga). La historia se sitúa en el año 2027, justo un año después de la Cuarta Guerra Mundial. Enmarcado dentro de un ambiente futurista, los seres humanos han sido capaces de incorporar implantes cibernéticos en su cuerpo y con esto logran aumentar sus capacidades naturales. La cibernetización y los robots son algo común y muy habitual en este ámbito netamente cyber-punk. La Mayor Motoko Kusanagi, se verá involucrada en una investigación criminal cibernética.

Según cuentan los libros de historia, el 13 de Septiembre del 2000, un enorme meteorito chocó contra la Antártida, causando el derretimiento del Polo Sur y la consecuente inundación y destrucción de todas las ciudades costeras. A este evento crucial se lo denomino Segundo Impacto -El primero fue el que destruyó a los dinosaurios-. La Tierra atravesó luego de ello un estado de crisis y catástrofes naturales y más de mitad de la población humana murió. Han pasado 15 años desde el Segundo Impacto cuando Tokyo-3, es atacada por un misterioso ser orgánico gigante, sin embargo esto no parece ser una sorpresa para un selecto grupo de gente de una organización de la ONU llamada NERV. Ellos se refieren al enemigo como "Tercer Ángel" y han desarrollado unos enigmáticos robots gigantes llamados EVA con una particularidad, solo pueden ser piloteados por jóvenes de 14 años con caracteristicas no del todo claras.

Durante millares de años las fuerzas de los Aragami han sido contenidas mediante una constante dieta de sacrificios humanos, pero ahora los lazos se han roto y los más viejos y más mortales enemigos de la humanidad están regresando. Para combatir a un enemigo que puede atacar dondequiera, siempre, sin aviso se requerirá a los agentes más talentosos de todo el mundo y de cada recurso disponible de la civilización moderna.