La historia de suspenso nos presenta a Zen Seizaki, un fiscal del distrito de Tokio que investiga ciertas irregularidades en una compañía farmacéutica. Indagando sobre el asunto, Seizaki se encuentra con una conspiración para unas elecciones en referencia a una “nueva zona” establecida en la zona oeste de Tokio.

La historia está protagonizada por Tohru Honda, una joven estudiante que por cuestiones de la vida y su mala suerte, acaba teniendo que vivir en una tienda de campaña en un terreno que pertenece al misterioso clan de los Soma, quienes no tardan en descubrir su secreto. Lo que Tohru no esperaba era que los Soma la acogieran y que estos tenían su propio secreto: cuando alguien del sexo opuesto los toca, se convierten en animales del zodiaco chino.

El protagonista de Persona 5 tiene antecedentes penales, algo que marca su día a día incluso tras mudarse a Yongenyaja, barrio cercano a la metrópolis de Shibuya en Tokio. En el instituto Shujin también lo tendrán fichado como “chico problemático” pero, para su desgracia, se verá envuelto en un incidente que puede conseguir que lo expulsen del centro. Al mismo tiempo, el protagonista y otro compañero implicado, Ryuji Sakamoto, se ven transportados al mundo del subconsciente gracias a una misteriosa aplicación de navegación que aparece en sus móviles y allí conocerán a Morgana, un extraño ser con forma de gato que dice haber perdido sus recuerdos, y conseguirán la habilidad de invocar Personas. Desde este mundo del subconsciente, los tres junto a la ayuda de An Takamaki, otra compañera del instituto, tendrán que robar el tesoro del Palacio creado por el subconsciente del verdadero culpable y así hacer que admita su culpabilidad en el mundo real. Este será sólo el inicio de los llamados ladrones fantasma de corazones, quienes prometen limpiar el mundo de los adultos corruptos.