La historia nos traslada a un futuro cercano en el que espíritus y monstruos son algo común. Un chico llamado Haruhiko Ichijou lidera un grupo de adolescentes con habilidades especiales que se enfrentarán a una enorme organización que saca ventaja de cierto incidente y, con el tiempo, eso les llevará a descubrir la verdad que oculta su propio mundo.

En el siglo pasado, la humanidad fue atacada por un desastre sin precedentes... el impacto “Invertia”. El mundo fue completamente destruido. Sin embargo, los humanos adquirieron un nuevo poder: el “Genestella”.

Ryuu Yamada es conocido como un delincuente en su escuela. Él se ha aburrido de las clases después de 1 año de asistencia. Un día, accidentalmente se cae de las escaleras y aterriza en Urara Shiraishi, la estudiante estrella de la escuela. ¡Yamada despierta para encontrarse que ha intercambiado cuerpos con ella! Los dos intentan revertir el cambio y descubren que besándose activa el intercambio. Como sugerencia del vicepresidente del consejo estudiantil Toranosuke Miyamura, ellos reviven el Club de Estudios Supernaturales. ¡El club encuentra otras “brujas” con poderes diferentes que son activados con un beso!

Itsuka Shidou es un estudiante de instituto que, durante las vacaciones, vive en primera persona un suceso sin igual. Ante él aparece una chica con armadura, que destruye la ciudad que tiene delante. La chica responde ante el nombre de Tooka, y según la hermana de Shidou, es un espíritu (?seirei?, 精霊), los cuales causaron un terremoto espacio-temporal 30 años atrás. La hermana de Shidou revela que su verdadera identidad es la de la líder de la organización Ratatosk y le cuenta a Shidou que la única manera que tienen de salvar el mundo es hacer que Tooka se acabe enamorando de él y tengan una cita.

Campione nos relata la historia de Godo Kusanagi, un estudiante como cualquier otro que esta a punto de graduarse de la secundaria. Hasta que en un día de sus vacaciones de primavera mata al dios Verethragna, acontecimiento que lo convierte en el séptimo y mas joven Campione. Por lo que desde ese momento tendrá que derrotar a otros dioses.

Kodaka Hasegawa llega a un nuevo instituto y se ve incapaz de hacer amigos, sobre todo porque la gente al ver su pelo rubio piensa que es un delincuente. Conocerá a Yozora, una chica con una amiga imaginaria, y juntos formarán un nuevo club pensado para todo aquel que no tenga amigos.

La historia se centra en Kakazu Kio, un estudiante de primer año de vida de la escuela de alto en Okinawa. Durante una ceremonia en memoria de uno de los antepasados de su familia. Una misteriosa chica con orejas de gato se le aparece a sí misma presentandose como Eris y afirma que ella es una extranjera. Sin embargo ella será más preocupante de lo que se da cuenta por primera vez.

Kenji Masaki, un muchacho de 15 años, es invocado a un mundo llamado Gemiar, el cual es un lugar en donde han existido peleas interminables contra replicas de armas llamadas Seikishi (humanoides), encontrados en antiguas ruinas.

Tras haber sido criado y adiestrado durante los últimos 17 años como samurai, Yoichi se sorprende cuando su padre le dice que ya no hay nada más que le pueda enseñar, pero ha conseguido que siga su entrenamiento en el dojo de un amigo de su padre. Así que Yoichi deja la tranquilidad de su pueblo para irse a la ciudad y continuar con sus estudios. Por si adaptarse a la ciudad no fuera tarea fácil, termina viviendo con 4 hermanas y tendrá que aguantar un adiestramiento más severo del que imaginaba...

Juunichi es un joven estudiante con una vida escolar muy normal junto a sus amigos y amigas en la escuela. Sin embargo, cierto día, una chica nueva llega transferida a su salón y se presenta como su "prometida". Juunichi, que no sabe nada de esto, discute con ella acerca de lo que ha dicho y, finalmente, llegan al punto en el que no desean saber nada del otro. Una vez en casa, sus padres le explican la situación y como es que los dos están obligados a casarse... y para eso tienen que salir juntos seguido y hacer que "florezca el amor"... Si a eso se suma el hecho de que Juunichi es secretamente querido por otras chicas, solo problemas pueden nacer de esta relación.

Ikkou Satonaka un chico lujurioso y pervertido al cual sus padres decidieron internar en un templo budista para deshacerse de él. Además estando interno descubre que tiene el poder del sacerdote supremo, activado este poder cuando su mente se perturba lo suficiente (por ejemplo ver a las chicas desnudas). En el Teplo Saien también entrenan seis monjas: Haruka Amanogawa, Sumi Ikuina, Hinata y Sakura Sugai, Chitose Nambu y Yuko Atouda. Cada una de ellas representa uno de los bosatsu de los seis reinos menores de la Cosmología Budista y por tanto tienen los poderes correspondientes a cada uno de estos reinos.. Chitose es la protagonista femenina, y tiene una gran relación con Ikkou; él siempre está en el peor lugar, en el peor momento, recibiendo una buena paliza por parte de Chitose (similar a Naru y Keitaro de Love Hina). Como un efecto colateral de usar el poder especial de Ikkou, se convierte en un mayor pervertido que lo que usualmente es, lo cual acarrea una paliza mayor.

Hace un año que un ovni tripulado por miembros de la especie DearS (una raza extraterrestre con una apariencia humana) realizan un aterrizaje de emergencia en la tierra. Y desde entonces la vida de Takeya Ikuhara, un típico estudiante de secundaria en Japón, y Neneko Izumi, su amiga de la infancia, se complica por la llegada de Ren y otros DearS a su ciudad.