Los Ladrones de Corazones son una banda de jóvenes que luchan por mantener el orden en la ciudad. Un día se enteran de las actividades delictivas de unos ladrones, así que hacen lo posible por detenerlos.
Primavera. Un pueblo rural, alejado de la ciudad, que fluye tranquilamente en el tiempo. Un chico llega a la estación de Yano Inaba, donde caen los pétalos de flor de cerezo. Su nombre es Yu Narukami. Debido a circunstancias familiares, se traslada a Inaba para vivir con su tío, y asiste al Instituto Yasogami. A partir de aquí, su vida estudiantil comienza. El centro comercial después de salir de clases, los asesinatos en serie que ocurren en la ciudad, la ‘Midnight Channel’ que viene por la noche… ¿Qué días esperan a Yuu y sus amigos “esta vez”?
La historia gira en torno a Harutora, un chico descendiente de una de las ramas de la familia Tsuchimikado, especialista en la práctica de artes ocultas del Onmyodo. Las raíces de Harutora no le sirven de mucho, pues pese a todo es incapaz de ver la energía espiritual y por ello carece de poder alguno, siendo un muchacho corriente. Natsume, una chica que fue amiga de la infancia de Harutora y es la próxima cabeza de familia de los Tsuchimikado se reúne un día con él y le cambia la vida.
Persona -Trinity Soul- tiene lugar 10 años después del final de Persona 3. Se podría decir que es una continuación de dicho juego.
Se sitúa en la ciudad japonesa de Ayanagi, localizada cerca del mar, donde la policía investiga varios casos que involucran un misterioso padecimiento llamado "Síndrome de Apatía" (que guarda relación con lo sucedido hace 10 años). Diez años atrás la ciudad sufrió un gran terremoto, del que se ha ido recuperando poco a poco.
En medio de la crisis, dos hermanos llamados Shin y Jun Kanzato se mudan de regreso para ver a su hermano mayor Ry?, quien ahora es Superintendente de la Policía de la Ciudad de Ayanagi, habiendo pasado diez años desde que los hermanos se encontraron por última vez.
La historia se situa en una ciudad japonesa cuyo nombre no es mencionado, un mes después de que un pilar de luz apareció en la oscuridad de la noche cinco años antes de una serie de asesinatos. Boogiepop Phantom contiene una gama de personajes, en su mayoría estudiantes de escuela secundaria, que son testigos del incidente y sus consecuencias. Al momento de la serie, los estudiantes de esta escuela comienzan a desaparecer y se culpa a Boogiepop por esto, quien, según una leyenda urbana, es la personificación de la Muerte.
Tras el suicidio de una estudiante llamada Chisa Yomoda, sus compañeros de escuela comienzan a recibir extraños correos electrónicos póstumos de Chisa desde la red -o Wired-. Entre ellos se encuentra Lain Iwakura, una niña de 14 años a la que se le hace difícil convivir con los demás. Sin conocer el funcionamiento de una computadora, abre el correo de la joven suicida, y, por curiosidad, trata de descubrir más acerca del tema, pidiéndole a su padre un nuevo Navi para poder conocer más acerca de la Wired (que es un sistema de navegación similar a lo que conocemos por internet)
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