La historia toma lugar en la ciudad ficticia de Kazamatsuri, que tiene la peculiaridad de estar sobre-poblada por vegetación, dándole un aspecto de zona rural. Tennouji Kotarou vive en este lugar, quien tiene la habilidad de “re-escribir” su propio cuerpo, logrando así poder escoger su fuerza o velocidad a placer. Él con la ayuda de 5 compañeras de su escuela investiga misterios sobrenaturales.

Nos situamos en una realidad alternativa, donde el Imperio de Britania ha conquistado prácticamente todo el planeta. A los países subyugados bajo su poder opresor les ha arrebatado la libertad, los derechos e incluso el nombre. Área 11, ésa es la denominación que ahora tienen los japoneses. Allí, un joven llamado Lelouch comenzará su rebelión, el día en que por casualidad se topa con la misteriosa C.C., quien le concede un poder peculiar: El Geass, el poder de la absoluta obediencia. Basta con cruzar su mirada con la de su objetivo para que éste cumpla cualquier orden que Lelouch realice, sea cual sea, aunque signifique su propia destrucción.

Un territorio inescrutable e inexplorado conocido como Hell's Gate (La Puerta del Infierno), hizo aparición de pronto en el pasado, privando a Tokyo de su cielo original. Como consecuencia, aparecieron también personas con habilidades especiales, los Dolls (Marionetas) y los Contratistas. Las Marionetas son mediums carentes de emoción, mientras que los Contratistas poseen ciertos poderes especiales, y parecen tener como principal finalidad la de matar. Las agencias de inteligencia de todo el mundo utilizan Contratistas para encubrir secretos relacionados con la Hell's Gate, y llevan a cabo violentas batallas por la posesión de información al respecto.