La trama se produce en un instituto dirigido a la fuerza por la presidenta del consejo de estudiantes Satsuki Kiryuuin. Todo cambiará cuando Ryuuko Matoi, una estudiante de transferencia que empuña una gran espada con forma de tijera “Basami”, comience a provocar un levantamiento en el campus.

La historia sigue a un muchacho de instituto llamado Akihito Kanbara que aunque parece normal, es un medio yomu, lo que le hace invulnerable a las heridas debido a que se cura muy rápido. Un día Akihito conoce a una novata llamada Mirai Kuriyama cuando esta parece que está a punto de saltar de la azotea del instituto. Mirai se siente sola por su habilidad para manipular la sangre, algo único incluso entre aquellos con poderes sobrenaturales. Tras impedir Akihito que Mirai salte, comienzan a ocurrir extraños eventos.

Kuroki Tomoko es una chica de secundaria muy popular, ademas ha tenido 50 años de experiencia en citas con alrededor de 100 chicos... bueno, eso solo en un mundo virtual llamado Otome. En la vida real, ella es una chica de 15 años que tiene todas las cualidades de una "mojo" (una mujer sombria o impopular). Sin embargo, cuando la escuela no está saliendo como ella esperaba, y no es tan popular como ella pensaba que era, se echa un vistazo a sí misma en el espejo por primera vez en unos cuantos años y tiene algunas revelaciones impactantes...

La historia se desarrolla en Tokyo, durante el año 2039, 10 años después que un virus llamado ?Lost Christmas? atacase Japón, que ahora se encuentra controlado por la organización de varias naciones llamado GHQ. Ohma Shu tiene 17 años y tiene poderes especiales, la Habilidad del Rey, con el que suele tomar armas y herramientas de sus amigos. Aunque ha estado evitando meterse en problemas, eso cambiará cuando conozca a una chica llamada Yuzuriha Inori,miembro de la resistencia.

La historia transcurre en Tokyo 10 años después de un gran terremoto que hunde el 70% del territorio en el océano. Ganta Igarashi es un sobreviviente de 14 años y no recuerda nada sobre el incidente, vive una vida normal, hasta que un día en clase aparece un extraño sujeto rojo, que asesina a todos sus compañeros dejándolo vivo solo a él!! no sin antes introducir un cristal rojo en su pecho. Despues de ocurrido el crimen, Ganta es culpado por la masacre y sentenciado a cadena perpetua en la prisión llamada Deadman Wonderland. No es una prisión cualquiera, es un macabro lugar donde la principal atracción son los presos, sirviendo a la vez como Staff y Animadores. Debido a la cruel naturaleza del "crimen de Ganta" se suma una condena a muerte, colocandole un collar que inyecta lentamente una dosis de veneno, y para conseguir el antídoto, deberá participar en algunos mortales juegos, ademas debe encontrar al verdadero asesino para probar su inocencia.

Oz Bezarius, heredero de una de las 4 casas del duque, ha cumplido 15 años. Su vida es de ricos y libre de preocupaciones, obscurecida sólo por la ausencia de su padre. Aunque en la ceremonia de su cumpleaños todo cambia, por ninguna razón que el pueda entender, es llevado a una prisión conocida como Abyss, para ser salvado por un Chain (criaturas originarias del abyss) con forma de un conejo negro manchado de sangre de nombre Alice, para ser integrado aun grupo de nombre Pandora.