Pasados dos años y medio de entrenamiento con Jiraiya, Naruto Uzumaki regresa a la aldea oculta de la hoja, donde se reúne con sus viejos amigos y conforma de nuevo el Equipo 7. Debido a la ausencia de Sasuke, aparece un nuevo personaje llamado Sai el cual retoma su lugar. En esta secuela podremos notar como los compañeros de Naruto han madurado con respecto a su desempeño previo, mejorando la mayoría de estos en su nivel. Durante su entrenamiento con Jiraiya, Naruto aprendió a controlar un poco de la chacra del Kyubi. Lo contrario a la serie original, dónde sólo desempeñó un papel secundario, la organización Akatsuki asume el papel antagónico principal en Naruto Shippuden, buscando como objetivo principal el capturar a todos los poderosos monstruos Biju.

Light Yagami es un excelente estudiante japonés que ha tenido una vida aburrida. Esto cambia radicalmente cuando encuentra tirado en el suelo un cuaderno conocido como Death Note (Libreta de la Muerte), un cuaderno perdido por Ryuk, un Shinigami (Dios de la muerte). Cualquier humano cuyo nombre esté escrito en el cuaderno morirá, y ahora Light ha decidido utilizar este poder para crear un mundo perfecto sin criminales. Pero cuando los criminales comienzan a morir de forma masiva, las autoridades envían al legendario detective L en busca del asesino. Con L pisándole los talones, Podrá mantener Light su noble propósito incluso arriesgando su vida.

Despues de derrotar a Brandon y la disminucion de la oferta de ser un Cerebro Frontera, Ash se dispone a viajar a traves de la tierra lejos de Sinnoh. Una vez que llega alli, se encuentra con Hikari, un entrenador local de la region, y deciden viajar juntos.

Kurosaki Ichigo es un estudiante de instituto de 15 años, que tiene una peculiaridad: es capaz de ver, oír y hablar con fantasmas. Pero no sabe hasta dónde puede abarcar la clasificación de espíritus, ni lo que conlleva el saberlo. Un buen día, una extraña chica de pequeña estatura que viste ropas negras de samurai entra en su cuarto. Se llama Rukia Kuchiki, y es una Shinigami (Dios de la Muerte). Ante la incredulidad de Ichigo, le explica que su trabajo es mandar a las almas buenas o plus a un lugar llamado la Sociedad de Almas, y eliminar a las almas malignas o hollows. Luego junto a Inoue Orihime, Ishida Ury y Sado Yasutora se veran envueltos en diferentes batallas, las cuales iran desarrollando sus diferentes habilidades que le otorgaran a cada uno su importancia en la serie.