La historia da comienzo con un grupo de jóvenes que poseen un poder conocido como “Alice’s Dream” que les permite hacer realidad las cosas que imaginan y que corresponden a sus poderes. Estas chicas son encerradas y tratadas como cobayas, pero Sana, una de estas chicas cuyo poder específico es ignorar las habilidades de la física y poder manifestar cualquier cosa, se escapa. Es entonces cuando Sana conoce a un hombre llamado Zouroku al que le gustan bien poco los cambios en su vida diaria.

La serie está protagonizada por las tres hermanas Ferrari, descendientes del famoso astrónomo italiano, Galileo Galilei. Estamos en el año 2061 y el mundo está al borde de una segunda era glacial. Con una misteriosa organización que quiere atraparlas y que buscan el "Galilei Tezoro", las tres hermanas deberán resolver sus diferencias y trabajar juntas para librarse de la organización que las persigue y descubrir su verdadero destino.

La historia tendrá lugar en una isla, donde el Sistema Fractal ha empezado a colapsar. Un día, Crane encuentra en un precipicio a una chica herida, llamada Phyrne. Ella desaparece dejando un pendiente. Crane y el avatar con forma de niña, Nessa, inician un viaje para Phyrne y descubren el secreto del Sistema Fractal.

Naruto, un aprendiz de ninja de la Aldea Oculta de Konoha es un chico travieso que desea llegar a ser el Hokage de la aldea para demostrar a todos lo que vale. Lo que descubre al inicio de la historia es que la gente le mira con desconfianza porque en su interior está encerrado el demonio Kyubi que una vez destruyó la aldea, y que el anterior líder de la misma tuvo que encerrar en su cuerpo siendo aún muy pequeño, a coste de su vida. Aunque sus compañeros no saben esto, tampoco le aprecian porque es mal estudiante y siempre está haciendo bromas. Sin embargo, la forma de actuar y la determinación de Naruto demuestran a los demás que puede llegar muy lejos, y el recelo de los otros chicos se va disipando. Naruto y sus compañeros Sakura y Sasuke, junto a su maestro Kakashi tendrán que enfrentarse a una serie de combates y misiones a lo largo de la historia que les permitirán mejorar y crecer. Naruto se vera enfrentado a sus principales enemigos Akatsuki, Itachi y Kisame.