En un mundo de fantasía en el cual los 6 héroes elegidos por los Dioses del Destino deben luchar contra el Demonio que ha revivido desde las profundidades del infierno, Adlet, nuestro protagonista, dice ser “el más fuerte del mundo”. Adlet es uno de los elegidos, los “Héroes de las seis flores”, pero cual es la sorpresa de todos los valientes elegidos al ver que no son seis, sino siete. En el bosque, los siete temen de que el enemigo esté entre ellos y el principal blanco de las sospechas es el propio Adlet.
“Bienvenidos a Queen Dekim.” Lo que le espera a dos invitados es un extraño bar, Queen Dekim, y su barman de pelo blanco, Dekim. “Desde aquí ustedes dos comenzarán una pelea que pone en juego sus vidas”, él dice para introducir el Juego de la Muerte. Mucho antes de que la verdadera naturaleza de los invitados se vuelva aparente, por rutina, al final del juego Dekim se revela como el “juez”. ¿El juicio de Dekim para los dos invitados es…?
Pasados dos años y medio de entrenamiento con Jiraiya, Naruto Uzumaki regresa a la aldea oculta de la hoja, donde se reúne con sus viejos amigos y conforma de nuevo el Equipo 7. Debido a la ausencia de Sasuke, aparece un nuevo personaje llamado Sai el cual retoma su lugar.
En esta secuela podremos notar como los compañeros de Naruto han madurado con respecto a su desempeño previo, mejorando la mayoría de estos en su nivel. Durante su entrenamiento con Jiraiya, Naruto aprendió a controlar un poco de la chacra del Kyubi.
Lo contrario a la serie original, dónde sólo desempeñó un papel secundario, la organización Akatsuki asume el papel antagónico principal en Naruto Shippuden, buscando como objetivo principal el capturar a todos los poderosos monstruos Biju.
Son 2 OVAs basados de los 3 primeros capítulos del videojuego de SNES; Fire Emblem Mystery of the Emblem. Se desarrolla en el continente Akanea. El país de Dolua, liderado por Medeus, el dragón de la oscuridad, conspiró junto con Garnef, líder y alto sacerdote de Khadain. Comenzando con un ataque contra Akanea. Incluso el país de Aritia, herederos del legendario Anri, quien venció al dragón oscuro, cayó ante los pies de los invasores. El continente entero se dirije a una era dominada por el mal. Esto ocurrió el año 602 en el calendario de Akanea... Han pasado 2 años desde entonces... Marth, el descendiente de Anri, debe luchar por su país y devolver la paz al mundo.