Una vez vivió un vampiro conocido como Vanitas, odiado por los de su propia especie por haber nacido bajo una luna llena azul, ya que la mayoría lo hace en la noche de una carmesí. Temeroso y solo, creó el “Libro de Vanitas”, un grimorio maldito que algún día se vengaría de todos los vampiros; así es al menos la historia. Vanitas no Carte sigue a Noé, un joven que viaja a bordo de un dirigible en el París del siglo XIX con un objetivo en mente: encontrar el Libro de Vanitas. Un repentino ataque de vampiros lo lleva a conocer al enigmático Vanitas, un médico que se especializa en vampiros y, para sorpresa de Noé, un humano completamente común. El misterioso doctor ha heredado tanto el nombre como el infame Libro de Vanitas de la leyenda, usando el grimorio para curar a sus pacientes. Pero detrás de su comportamiento amable se esconde algo un poco más siniestro…

Suzumiya Haruka despierta después de estar en coma por 3 años. El tiempo que ha estado luchando contra la muerte le ha quitado muchas cosas valiosas. Pero siente que todavía puede recobrar las más importantes, entre ellas, el amor de su vida : Narumi Takayuki, quien está decidido a entregarse a ella. Juntos visitan diversos lugares, tratando de recuperar el tiempo perdido en estos 3 años, salvo uno: la estación Hiraagi-chou donde Haruka sufrió el terrible accidente que la dejó en coma.

En la escuela ""Kanenone Gakuen"" solo estudian chicos donde acogen a un grupo de chicas provenientes de otro instituto durante el verano, a modo de prueba para ver si ""Kanenone"" puede volverse más adelante una escuela mixta. Sin embargo, los chicos de la misma lo ven únicamente como una oportunidad para tener relaciones sexuales. En cuanto llegan las chicas a la escuela y se abren las puertas del autobús en el que venían, aparece de la nada una chica llamada Midori, quien al ver a Yuusuke se lanza sobre él.