La historia se centra en un chico de doce años llamado Koushi Nagumo, quien se encuentra sin hogar, sin dinero y sin familiares que cuiden de él. Mientras duerme en la calle, es recogido para convertirse en el encargado de un dormitorio habitado por problemáticas estudiantes universitarias. Rodeado de estas chicas tan difíciles, la “nueva vida ligeramente ecchi” de Koushi comienza.
La vida de Shiki como el único humano que habita el planeta Granbell, un enorme parque de diversiones controlado por robots, se ve alterada con la llegada de Rebecca y su gato Happy. Tras huir juntos debido a una rebelión de robots, emprenden un viaje interestelar plagado de aventuras para buscar a Mother, una entidad femenina colosal que conoce toda la verdad sobre el poderoso Shiki.
Una batalla está a punto de comenzar en Tokio: la Batalla de Chamanes, una competencia que se realiza cada quinientos años en donde los Chamanes (aquellos que pueden comandar espíritus) se confrontan entre sí. Aquel que resulte victorioso en este torneo será reconocido como el “Shaman King” y podrá contactar y controlar al Gran Espíritu, permitiéndole reformar el mundo a su voluntad a través de su inmenso poder. Durante una caminata nocturna, Manta Oyamada se encuentra con su compañero, el despreocupado Yoh Asakura, quien lo invita a mirar las estrellas con otros amigos quienes, para el horror de Manta, resultan ser los fantasmas del cementerio local. Sin embargo, resulta sorprendente también que Manta sea capaz de verlos.
Grisaia: Phantom Trigger se lleva a cabo después de la trilogía de Grisaia, y presenta un grupo completamente nuevo de heroínas, así como un nuevo protagonista. La historia sigue a una clase de estudiantes de la Academia Mihama, que ha sido convertida por la organización antiterrorista CIRS en una «escuela de capacitación especializada» para una nueva generación de operativos.
