La historia nos traslada a Midorijima, una próspera isla en el suroeste del archipiélago japonés donde la humanidad y la naturaleza una vez coexistieron. Sin embargo, tras pasar a manos de la Compañía Toue, una poderosa corporación japonesa, una tercera parte de la isla se ha convertido en “Platinum Jail”, unas extravagantes instalaciones de ocio. Equipada con la última tecnología, la popularidad de Platinum Jail ha ascendido muy rápido. Por otro lado, los isleños que se han visto convertidos en víctimas de este forzado desarrollo, se ven obligados a vivir en el “Distrito para antiguos residentes”, un lugar que es de todo menos próspero. El protagonista, Aoba Seragaki, pasa sus días trabajando en una tienda de chatarra llamada “Heibon” dentro del distrito, viviendo con su abuela Tae. Entre los jóvenes del Distrito se ha hecho popular un juego: el “Ribstiez”. En él, se crean equipos y se luchan por territorios. Por otro lado está el “Rhyme”, un juego online con un mundo virtual inmersivo. Aoba no tiene interés en ninguno de los dos juegos y solo quiere vivir tranquilo con su abuela, pero un desastre sacudirá los cimientos de su situación.

Yuki Sakurai es un adolescente con un misterioso poder: cuando toca a las personas, les hace ver hechos trágicos que han vivido. Es incapaz de controlar dicho poder, que va en aumento, llegando al punto en que pierde el control. Un día un tipo misterioso que por alguna razón le resulta familiar le salva la vida. Más tarde aparece un hombre que dice ser su hermano. Y así, el destino de Yuki comienza a correr.

Ito Keita es un chico que podríamos llamar ordinario; no tiene ningún talento que lo haga destacar sobre un muchacho común y corriente de instituto; por eso se sorprende cuando le llega una carta anunciándole una plaza en la escuela Bell Liberty, conocida por albergar a chicos con grandes dotes y talentos: Keita se siente opacado y fuera de lugar, pero conoce a Endo Kazuki; también alumno de Bell Liberty, quien le devuelve la confianza y se convierte en su intimo amigo; pero hay un misterio tras la plaza de Keita en esta escuela; ¿Por qué un alumno sin talento tiene lugar en un colegio tan prestigioso?; junto con su nuevo amigo Kazuki (quien parece tener una doble vida), Keita lo ira descubriendo a medida que se ira enamorando de este.

Hideki Motosuwa, quien decide abandonar el campo e irse a estudiar en Tokio para luego ir a la universidad, vive en un tiempo en el que las computadoras personales han sido desarrolladas para parecer y desempeñar funciones humanas, siendo llamadas como "Persocon". En su primer día, encuentra una de ellas tirada en la basura, tras lo cual se la lleva a su apartamento. Tras descubrir que es un modelo ‘especial’, denominado como Chobit, tiene descubrir su naturaleza a medida que se enfrenta a problemas comunes de adolescentes.

En Room Mate el espectador toma el rol en primera persona de la casera de un dormitorio masculino en el que conocerá a tres chicos.