Melvin Penal, cumpliendo su condena en la cárcel de la ciudad central de robo, escapa de la cárcel, y viaja hacia el oeste. Ed y Al se dedican a perseguirlo a la ciudad de Milos, donde se encuentran a una misteriosa niña Julia Criton, miembro de una organización llamada "Murciélago Negro".
La historia se centra en dos hermanos, Edward Elric y Alphonse Elric que rompieron el mayor tabú de la alquimia, la trasmutación humana al tratar de revivir a su fallecida madre; en consecuencia Edward pierde su pierna izquierda y Alphonse pierde todo su cuerpo, Edward para salvar a su hermano sella su alma en una gran armadura de hierro a cambio de su brazo derecho; ahora los dos con un nuevo objetivo buscan desesperadamente la piedra filosofal para poder regresar sus cuerpos a la normalidad...
Gon Frecks,un niño de 12 años,vive con su tia Mito_san y su abuela en Isla Ballena,hunerfano de madre y segun su tia tambien de su padre.Un dia Gon es atacado por un oso del bosque,pero es salvado x un cazador quien le explica que esta en busca de su maestro para asi convertirse en un cazador,el es quien le dice que su padre Gin esta vivo. Enterado de esto Gon decide convertirse en cazador para poder encontrar a su padre...