La historia tiene lugar en Koudo Ikusei, la escuela de prestigio por excelencia que cuenta con instalaciones de última generación en las que casi el 100% de los alumnos pueden ir a la universidad y encontrar trabajo. En ella los estudiantes tienen la libertad de llevar el peinado que quieran y de traer todos los efectos personales que deseen. Koudo Ikusei es una escuela paradisíaca, pero lo cierto es que sólo los alumnos “superiores” son bien tratados.
El protagonista Kiyotaka Ayanokouji pertenece a la Clase-D, aquella en la sólo están los estudiantes “inferiores” que son ridiculizados por el resto de la escuela. Por alguna razón, Kiyotaka se despistó en sus exámenes de ingreso y terminó ahí. Sin embargo, después de conocer a Suzune Horikita y Kikyou Kushida, otros dos estudiantes de su misma clase, la situación de Kiyotaka comienza a cambiar.
Una historia dirigida a todos aquellos que como estudiantes sufrieron, lloraron, rieron o se ilusionaron con el amor. Tanto si el amor consigue abrirse paso como si no, las experiencias que surgen de él en la adolescencia son una parte importante de la juventud. Aquí cada personaje es su propio protagonista, y todo espectador encontrará alguno con el que identificarse.
La historia comienza cuando Yuuta Hoshiya entra en la Academia Ayana, una escuela centrada en las actividades del mundo del espectáculo, especialmente en la música. La academia tiene un grupo formado por tres estudiantes con las notas más altas en el departamento musical, conocidos como Kao Kai. En la jerarquía dentro de la escuela, Kao Kai están en la cima.
La forma más rápida de entrar al departamento musical es entrar en la clase Star Frame, que es impartida directamente por Kao Kai, así como tener su reconocimiento. Desafortunadamente, debido a problemas personales, Tooru, Kaito, Shou, Shuu y Yuuta están luchando incluso para ser candidatos a entrar en el departamento musical. Sin embargo, por suerte, los cinco captan la atención de Otori, miembro de Kao Kai...
La historia está protagonizada por Sora y Shiro, hermano y hermana, que son muy famosos en todo Internet como NEETs y hikikomoris que se pasan el día jugando a videojuegos, tanto que son una leyenda. Los dos consideran el mundo real como “un juego malo”. Un día, un chico llamado “Dios” les invoca a otro mundo. Allí, Dios ha prohibido las guerras y declara que en el mundo todo se decidirá mediante juegos, incluso cuáles serán las fronteras entre países. La humanidad se ha visto reducida a una sola ciudad debido a que el resto de razas le han ido quitando todo el territorio. Shiro y Sora tendrán que ser los salvadores de la humanidad en este mundo alternativo.
Hinata Shouyou, al ver un partido de voleibol, pretende convertirse en "El pequeño gigante", y se une a la escuela media de voleibol del club. Después de encontrar nuevos miembros, se establece para el torneo de la escuela secundaria, donde se cruzan con una escuela superior, con el "Rey del juego superior", Kageyama Tobio .Aunque su equipo perdió, Shouyou sigue decidido a seguir adelante y vengarse de Kageyama. Al entrar en la escuela secundaria, recibió la sorpresa más grande - que Kageyama se encuentran en la misma escuela y el club!
La historia gira en torno a Haruka Nanase, un muchacho al que siempre le ha gustado estár en el agua y nadar. Antes de graduarse de la escuela primaria, participó en un torneo de natación junto a sus compañeros del club de natación: Makoto Tachibana, Nagisa Hazuki y Rin Matsuoka. Tras conseguir la victoria, cada uno de los chicos siguió su propio camino. El tiempo ha pasado, y en mitad del instituto, Rin aparece y reta a Haruka a una carrera, demostrando a este lo bueno que es. Haruka no quiere que eso acabe así, así que reúne de nuevo a Makoto y a Nagisa, así como a un nuevo miembro llamado Rei Ryugazaki, para formar el club de natación del Instituto Iwatobi. Haruka, Makoto Nagisa, Rei y Rin vivirán juntos una historia de natación, juventud y amistad.
Fairy Tail cuenta la historia de un joven mago llamado Natsu en la búsqueda de su maestro y padre adoptivo Igneel que resulta ser un dragón. Por ello se unió a Fairy Tail, un gremio de magos que es famoso por los destrozos y daños que provocan en diversas ciudades (lo cual no debería ser así). El mundo de Fairy Tail gira alrededor de los magos (los cuales poco tienen que ver con la idea general del mago común) que realizan encargos a cambio de dinero, similar a un cazarecompensas. Natsu conoce a Lucy, una guapa muchacha cuyo sueño era ingresar a un gremio de magos, específicamente, a Fairy Tail, lo cual consigue gracias a la ayuda de Natsu. De ahí en adelante, la historia sigue los movimientos de esta pareja de magos los cuales se ven envueltos en un sin número de aventuras antes de conseguir la meta final de encontrar a Igneel.
Pasados dos años y medio de entrenamiento con Jiraiya, Naruto Uzumaki regresa a la aldea oculta de la hoja, donde se reúne con sus viejos amigos y conforma de nuevo el Equipo 7. Debido a la ausencia de Sasuke, aparece un nuevo personaje llamado Sai el cual retoma su lugar.
En esta secuela podremos notar como los compañeros de Naruto han madurado con respecto a su desempeño previo, mejorando la mayoría de estos en su nivel. Durante su entrenamiento con Jiraiya, Naruto aprendió a controlar un poco de la chacra del Kyubi.
Lo contrario a la serie original, dónde sólo desempeñó un papel secundario, la organización Akatsuki asume el papel antagónico principal en Naruto Shippuden, buscando como objetivo principal el capturar a todos los poderosos monstruos Biju.
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