Esta es una secuela de las series de Naruto, la cual sigue la historia de Boruto el hijo de Naruto.
La aldea oculta de la hoja ha continuado su moderinización pero siempre manateniendo la paz. Carros eléctricos recorren toda la ciudad conectada por distritos llenos de rascacielos con enormes monitores mostrando todo tipo de imágenes. En esta era, la aldea oculta de la hoja es ahora una cuidad ninja solo en nombre ya que ahora muchas personas normales han venido a vivir aquí. También el estilo de vida de los ninjas ha cambiado...
Boruto, el hijo del séptimo Hokage y el actual lider de la aldea, se ha matriculado en la academia ninja para aprender todo sobre lo que necesita saber en las artes ninjas. Los estudiantes que rodean a Boruto se refieren a él como "el hijo del Hokage", pero Boruto con su peculiar personalidad se hará un nombre por él mismo.
Boruto encontrá nuevos amigos y aliados, pero ¿cómo podrá lidear con todos esos misteriorsos incidentes que se le presentarán? Es así como comienza la historia de Boruto Uzumaki.
La historia está protagonizada por el estudiante más molón de todo instituto existente: Sakamoto. Cuando llega a un nuevo instituto llama la atención no solo entre sus compañeros, sino entre todo el cuerpo estudiantil, con lo que el resto de celosos estudiantes intentarán dejarle mal constantemente, aunque con sus frustrados intentos solo conseguirán que Sakamoto parezca más molón todavía.
Cuenta 12 historias cortas que narran doce meses en la vida de Koyomi Araragi, quien comienza un nuevo semestre después de un encuentro entre el protagonista y una vampiresa durante las vacaciones de verano, y que finalizará con sus exámenes para acceder a la universidad.
Después de los acontecimientos de Hitagi End, Araragi está tratando de centrarse en el estudio para el examen de ingreso a la universidad. Una mañana, mirando el espejo en el baño, Araragi descubre que no puede ver su reflejo en el espejo, un fenómeno que sólo los verdaderos vampiros tienen. Él habla con Shinobu sobre este problema y ella sugiere preguntar al experto que se especializa en excentricidades inmortales, Kagenui Yozuru y su familiar Ononoki Yotsugi.
Kanbaru comienza su tercer año como estudiante de preparatoria. Araragi, Hanekawa y Senjougahara ya se han graduado, de vez en cuando, ella tiene sueños en los que su madre le habla para darle extrañas lecciones de vida ocurridos cuando era pequeña, suele estar atenta a las noticias pensando que podría salir a atacar a nuevas victimas, mas tarde en la preparatoria por medio de una kohai se entera de incidentes que están ocurriendo, causados por un tal "Akuma-sama" lo cual comienza a temer pensando que ella sea tal ser, lo cual la lleva a investigar tales sucesos...
Situada después de Nisemonogatari, esta temporada cuenta con 5 historias -contadas en 6 libros-, cada una dedicada a cada amiga de Araragi: Hanekawa enfrentará a sus propios miedos personificados por una entidad que parece tener el poder y la determinación de destruir su vida entera. Araragi y Shinobu viajarán en el tiempo para intentar salvar a Mayoi de la muerte, pero se encontrarán con un gran y drástico cambio debido a su ausencia. El mundo ha sido destruido y el Kaii Killer habrá sumido todo en la destrucción total. Nadeko se entera que Araragi tiene novia. Su furia la llevará a involucrarse por sí misma con un dios para vengarse y reprimir sus sentimientos a la fuerza. Araragi estará en peligro de muerte y Hitagi está dispuesta a hacer lo que sea para salvar su vida. Mayoi es perseguida por un extraño ser conocido como Kuroyami, Shinobu nos narra la historia de cuando pretendió ser un dios y de cómo creó a su primer sirviente hace 400 años. Kanbaru, quien creía estar totalmente alejada del incidente del brazo de demonio, es arrastrada a un problema mucho más grande: Akuma-san está recolectando todas las partes de aquel demonio y debe ser detenido antes de que sea demasiado tarde. Historias con giros y desarrollos increíbles serán narrados en la segunda parte de esta serie, al final de la cual sólo quedará la pregunta: ¿habrán sido todas estas desgracias una mera coincidencia, una tras otra?
Primera parte de Nekomonogatari: Durante la Golden Week, Tsubasa Hanekawa, una chica de 17 años, ha tenido una experiencia sobrenatural, un encuentro con Nekomata, la tranquilidad que aparenta la representante de la clase, es un contraste de lo que ocurre con la relación actual con su familia, los hechos ocurridos la cual la llevan a enredarse con este ser sobrenatural, Koyomi Araragi se verá envuelto en estos hechos, los cuales con la ayuda de Oshino Meme, y la intervención de Oshino Shinobu, intentaran librar a la representante de la clase de ese ser la cual la ha poseído.
Después de los sucesos ocurridos en Bakemonogatari, para todos llega una época de cambio, sin embargo, eso no implica que las excentricidades dejen de hacer lo suyo. Karen y Tsukihi Araragi, las hermanas de Koyomi, serán quienes se vean involucradas esta vez con extrañas criaturas. Karen será envenenada por una "abeja", mientras que Tsukihi se verá en peligro debido a que es la reencarnación de un fénix. En esta ocasión, varios especialistas en excentricidades se acercarán a ellas para intentar hacerles daño y Araragi y Shinobu deberán protegerlas a toda costa.
Pasados dos años y medio de entrenamiento con Jiraiya, Naruto Uzumaki regresa a la aldea oculta de la hoja, donde se reúne con sus viejos amigos y conforma de nuevo el Equipo 7. Debido a la ausencia de Sasuke, aparece un nuevo personaje llamado Sai el cual retoma su lugar.
En esta secuela podremos notar como los compañeros de Naruto han madurado con respecto a su desempeño previo, mejorando la mayoría de estos en su nivel. Durante su entrenamiento con Jiraiya, Naruto aprendió a controlar un poco de la chacra del Kyubi.
Lo contrario a la serie original, dónde sólo desempeñó un papel secundario, la organización Akatsuki asume el papel antagónico principal en Naruto Shippuden, buscando como objetivo principal el capturar a todos los poderosos monstruos Biju.