Sora Kashiwagi es un estudiante de preparatoria corriente que lleva una vida sencilla y normal, al menos hasta que su padre, un autoproclamado aventurero, le envía un curioso regalo desde Egipto: ¡una momia! El sarcófago que le envía su padre es enorme, y junto a él, una carta: "¡He encontrado una momia genial, así que he decidido dejarla en tus manos, hijo mío!".

La historia está protagonizada por una liga de figuras literarias con poderes sobrenaturales, como Ryunosuke Akutagawa, que en la vida real escribió varias novelas y en el manga tiene el poder de transformar su capa en una especie de monstruo. Él y sus compañeros escritores se dedicarán a resolver misterios como parte de la “Agencia Armada de Detectives”. Otros autores japoneses que aparecen en la obra son Rampo Edogawa, Kenji Miyazawa, Osamu Dazai, Atsushi Nakajima, Akiko Yoshino, Yukito Ayatsuji(Another),Natsuhiko Kyogoku (Loups-Garous), Agatha Christie o Dan Brown.

La historia da comienzo cuando un muchacho de segundo año de instituto llamado Daichi Manatsu de repente ve en televisión un misterioso objeto circular multicolor flotando sobre Tanegashima, y lo hace el mismo día anterior a empezar sus vacaciones de verano. El misterio de la muerte accidental de su padre. Recuerdos de misteriosos chicos y chicas que conoció durante su infancia. Daichi llega a la isla repleto de complejas emociones y entonces la alarma salta en el centro espacial de Tanegashima cuando él se encuentra con el robot “Earth Engine”.

La historia sigue a Sakamichi Onoda, un chico que acaba de empezar el instituto y tiene planes de unirse al club de anime. En secundaria, Onoda no tenía muchos amigos con quienes pudiera hablar de anime y videojuegos, cosas de Akihabara y demás, y su plan de unirse al club en el instituto es su salvación. Por desgracia, descubre que el club ha sido cerrado, así que para reabrirlo intenta encontrar cuatro personas más que se unan a él. Onoda está acostumbrado a usar una bicicleta muy dura para trayectos cortos en su vida diaria y para todo, desde ir de compras a pasar por Akihabara a comprar las novedades de anime. Otro chico de primero de instituto llamado Shunsuke Imaizumi se da cuenta de ello cuando está entrenando con su bicicleta, una similar a la de Onoda. Un día, otro estudiante de primero de su mismo instituto, Shokichi Naruko, está por Akihabara comprando unos gundams para sus hermanos pequeños y se encuentra con Onoda, el cual le llama la atención por su habilidad con la bicicleta. Cuando descubre que va a su mismo instituto, intentará junto a Imaizumi que se una al club de ciclismo.

Cinco años atrás, la mayoría de los aldeanos de Ootsuka murieron debido a una trágica plaga. Pero misteriosamente suficiente, quedaron tres sobrevivientes: Una chica y dos jóvenes emergieron. Conviviendo en una iglesia, los tres sobrevivientes en insolación, ocultándose de aquellos que asechan con encontrarlos. Shino, uno de los sobrevivientes posee el poder sobre Murasame, el sable de la vida. Pero cuando la iglesia imperial intenta raptar el sable para sí mismos, su pacífica vida queda en el pasado...

Shizuku Mizutani es una chica a la que no le interesa nada aparte de sus estudios y sus planes de futuro. Haru Yoshida es un chico que está siempre ausente y al que cuando un día Shizuku le toque llevarle los deberes a su casa, se creerá que ella quiere ser su amiga. Por cosas de la vida, ella descubre que él no es tan malo como le pintan en el instituto y acabará siendo más amable con él? hasta que él decide declararle su amor.

La historia sigue a un muchacho llamado Houtarou que se une al club de literatura clásica por orden de su hermana mayor, aunque él prefiere no involucrarse en nada. En el club se va acercando poco a poco a la verdad tras cierto incidente relacionado con el tío de una muchacho del mismo y que ocurrió 33 años atrás. Él acabará viéndose arrastrado a resolver el misterio por otra chica.

Secuela de Phi-Brain: Kami no Puzzle. Kaito Daimon es un genio de 16 años que ama resolver puzzles. El adquiere un enigmático objeto llamado "Brazalete de Orpheus" que le permite aprovechar al máximo su cerebro. Adquirido el título de Einstein, Kaito seguira luchando contra la POG con el fin de mantener una promesa que hizo cuando era niño mientras que al mismo tiempo intenta salvar el mundo con la prueba definitiva: "El puzzle de Dios"

La historia se centra en una escuela privada donde el consejo estudiantil se elige meramente por popularidad. Dentro del consejo elegido se encuentra Ken Sugisaki quién es el único hombre entre todas las demás miembros bishoujo del consejo, que tienen el derecho de entrar al "santuario sagrado" donde tienen sus reuniones, ahí Ken se encarga de tomar las minutas de las reuniones dirigidas por la presidenta del consejo Kurimu Sakurano, que van desde las vidas hasta los intereses de los estudiantes.

La historia se centra en dos hermanos, Edward Elric y Alphonse Elric que rompieron el mayor tabú de la alquimia, la trasmutación humana al tratar de revivir a su fallecida madre; en consecuencia Edward pierde su pierna izquierda y Alphonse pierde todo su cuerpo, Edward para salvar a su hermano sella su alma en una gran armadura de hierro a cambio de su brazo derecho; ahora los dos con un nuevo objetivo buscan desesperadamente la piedra filosofal para poder regresar sus cuerpos a la normalidad...

Tras haber sido criado y adiestrado durante los últimos 17 años como samurai, Yoichi se sorprende cuando su padre le dice que ya no hay nada más que le pueda enseñar, pero ha conseguido que siga su entrenamiento en el dojo de un amigo de su padre. Así que Yoichi deja la tranquilidad de su pueblo para irse a la ciudad y continuar con sus estudios. Por si adaptarse a la ciudad no fuera tarea fácil, termina viviendo con 4 hermanas y tendrá que aguantar un adiestramiento más severo del que imaginaba...

La historia se ambienta en una ciudad de estudiantes superhumanos científicamente avanzados y en un mundo donde la magia es real. La mano derecha de Toma Kamijo, el ?Imagine Breaker? negará toda la magia, poderes divinos o mentales, pero no su propia suerte. Un día encuentra una chica joven colgando de su balcón que resulta ser una monja de la iglesia de Inglaterra en cuya mente ha sido implementado el índice ?Librorium-Prohibitorum?, es decir, todos los libros y textos sobre magia que la iglesia quitó de la circulación.

La vida de Kouichi Hayase, de 14 años, siempre ha sido muy deprimente. Sin embargo, los días de ser acosado por sus compañeros de clase y de soñar que era un héroe acaban cuando un accidente le otorga a una chica y un robot humanoide gigante llamado "Linebarrel". El poder extraordinario que Kouichi obtiene lo lleva a encargarse de batallas, intrigas y amistad. Durante su aventura, el chico empieza a aprender lo que la vida le tiene que ofrecer: conoce nuevos amigos, se despide de los antiguos... pero ahora tiene una gran responsabilidad, que es enfrentarse al mundo que tiene a su alrededor.

Natsume es un chico que ha tenido una vida difícil desde pequeño, puesto que puede ver espíritus llamados Youkai, un buen día algunos de esos espíritus empiezan a atacarle pidiéndole "El Libro de los Amigos" éste libro, es un diario que le dejó su abuela Reiko que también podía ver los espíritus perfectamente. Ésta fue quien encerró el nombre de muchos de los Youkai, impidiendo así que pudiesen ser libres. Natsume, junto con su amigo y guardaespaldas, decidirá ayudar a los Youkai y liberarlos devolviéndoles su nombre.

Tras la desaparición de su padre, Itsuki Iba se ve obligado a hacerse responsable del negocio de la familia? siendo un tanto particular, por así decirlo: un servicio de magia a domicilio. Básicamente, la familia se encarga de contratar a numerosos magos y todo tipo de seres sobrenaturales para asistir a todos aquellos que requieran de su ayuda. Ahora que Itsuki se ha convertido en el jefe, necesita al menos aparentar todas las cualidades de un líder: ser severo, dominante y alguien de fiar. El único problema es que Itsuki es en realidad todo lo contrario. Su personalidad retraída y cobarde hace todavía más difícil su trabajo, sobre todo cuando debe ponerse en contacto con sus empleados. No obstante, sus problemas no acaban ahí, dado que también deberá confrontar a todos aquellos que suponen una amenaza para el negocio familiar.

Tsunayoshi Sawada (Tsuna) era un chico normal hasta que su pariente Timoteo (el 9º capo de la familia Vongola) le comunica que él va a ser su sucesor. Para que Tsuna este preparado para el momento en el que el sea el 10º capo, manda a su casa a un tutor personal llamado Reborn que le ayudara a ser un buen capo gracias a un arma especial de la familia Vongola, y que en ciertas ocasiones le ayudara a continuar su vida normal de una sola pieza. Luego aparecieran mas personajes que le harán la vida mas difícil y a la vez mas divertida a Tsuna.

Un joven que viaja a Tokyo para ingresar a un instituto queda prendado por una chica que esta practicando el salto alto. Para su sorpresa resulta ser su vecina.

Decidido a convertirse en un Magister Magi (Mago Maestro). Y tras 7 años de estudios y entrenamiento en la escuela de magos, llega la prueba final, el último y más duro examen para llegar a ser un gran Magister Magi. El maestro instructor reparte a cada aspirante sus destinos y su misión que deberán cumplir. Y a Negi le corresponde ser profesor de inglés en la escuela Mahora en Japón, una escuela femenina. Además deberá tener cuidado de que nadie descubra que es un mago ya que podría suponer que le convirtieran en comadreja. Y así es como un niño de 10 años, nacido en Gales, con poderes mágicos y un nivel de inteligencia equivalente al de la universidad, se convierte en profesor de una clase de 31 alumnas de secundaria (entre 14 y 15 años), que lo tratan más como un juguete que como un profesor.

Trigun narra la historia de Vash La Estampida, también conocido como El Huracán Humano, y de las dos empleadas de la Sociedad de Seguros Bernardi: Meryl Stryfe y Milly Thompson, que tienen la misión de seguir y minimizar los efectos de los desastres que parecen perseguir a Vash a donde quiera que vaya. Éste parece tener una doble personalidad, alternando entre el idiota inofensivo y el guerrero implacable, pero es siempre un pacifista acérrimo e imparable.