La historia tomará lugar en el año 2307 de nuestra época, En esta epoca, el petróleo es un bien escaso y la humanidad tiene que confiar principalmente en la energía solar. Este mundo está dividido en tres bloques politicos: La Unión de energía solar y naciones libres (ユニオン; basada en la OEA, Australia y Japón), La liga de reforma humana (人類革新連盟; basada en China, Rusia e India) y y la Unión avanzada Europea basada en la Unión Europea. Las constantes guerras por motivos religiosos, energéticos o colonizadores hace actuar a ?Celestial Being? (Ser Celestial), una ?organización paramilitar empeñada en erradicar la guerra? que pretende utilizar a los mobile suit Gundams para lograrlo. El protagonismo recae en Setsuna F. Seiei (刹那・F・セイエイ, Setsuna F. Seiei), el junto a otros 3 gundam meisters lucharan por un mundo que pueda vivir en paz, usando 3 gundams muy diferentes, la paz es el objetivo principal de Celestial Being

Mobile Suit Gundam SEED está ubicada en el año 71 de la Era Cósmica (EC). La trama empieza con una guerra entre la Tierra y las Colonias, similar a la "Guerra de un Año" que pudimos ver en la serie original de Gundam. Por un lado está la Alianza Terrestre y por el otro las Colonias Espaciales que conforman la Alianza Zodiacal para un Tratado de Paz (ZAFT, por sus siglas en inglés) La humanidad ha evolucionado en nuevas formas gracias a la ingeniería genética, con lo cual se ha creado un abismo entre los seres humanos normales ("Naturales") y los alterados ("Coordinadores"). Siguiendo con la tradición de la franquicia, nuevamente un joven civil que odia la guerra se encuentra pilotando un Gundam, y esta vez el héroe es un Coordinador llamado Kira Yamato. Al principio se ve obligado a luchar contra su propia gente, pero ahora se encuentra en medio de una guerra entre dos gobiernos cuyo único objetivo es el genocidio.