Extraños asesinatos se están sucediendo uno tras otro en Tokyo. Debido a las pruebas encontradas en las escenas, la policía concluye que los ataques son obra de ghouls que se comen a las personas. Kaneki y Hide, dos compañeros de clase, llegan a la conclusión de que si nadie ha visto nunca a esos necrófagos es porque toman la apariencia de seres humanos para ocultarse. Poco sabían entonces de que su teoría sería más cierta de lo que pensaban cuando Kaneki es herido de gravedad por un monstruo y comienza a atraerle cada vez más la carne humana…

Hei y Yin han estado huyendo después de traicionar al Sindicato en la temporada pasada. Después de dejar Japón, Hei se encuentra con Suou Pavlichenko, una niña Euroasiática de 13 años que se ha visto envuelta en la guerra y políticas de varias facciones y Contratistas que compiten por el poder. Mientras tanto en Tokio continúa de pie Hell?s Gate (La Puerta del Infierno), después de que Hei intentara detener la activación de el arma de partículas anti-Gate Anillo de Saturno. Aunque los Contratistas están fuera de peligro de que sus existencias sean eliminadas, esto no evita que antiguos y nuevos Contratistas abusen de su poder. Mientras que Misaki Kirihara y su equipo en el Buró Público de Seguridad lidian con los casos de Contratistas que aumentan, ella también tiene que mantener al Sindicato a distancia, ya que tienen altos puestos dentro de la policía Japonesa y en Oficinas de Inteligencia alrededor del mundo.

Tres escuelas rivales dirigidas por sus guerreros (Toushis) líderes, luchan por ser la más fuerte de las tres; La academia de Kyosho con su líder Sousou Moutoku, la academia de Nanyo con Sonsaku Hakufu y Ryuubi Gentoku de la escuela de secundaria de Seito. Las tres escuelas buscan la energía que proporciona el ?Dragon de Jade?, una reliquia que, según antiguos escritos de hace 1.800 años, tiene la facultad de despertar y controlar los grandes poderes que proporcionan los ?Dragones? que poseen en su cuerpo los tres Toushi líderes y reencarnados en la actualidad en Sousou Moutoku, Sonsaku Hakufu y Ryuubi Gentoku. Tratan de cambiar y controlar su destino predefinido por sus Magatama (las piedras del Alma de los Toushi).