Tada Banri, es un estudiante de nuevo ingreso en una escuela privada de derecho en Tokio, después de la ceremonia de apertura, él estaba completamente perdido tratando de encontrar el camino hacia el salón de orientación para los de primer año. En ese momento, se encuentra con un estudiante de primer año, que también estaba perdido, Mitsuo Yanagisawa. De alguna manera llegaron al lugar donde se dirigían, pero de repente frente a los dos aparece una chica hermosa que sostiene un ramo de rosas. La chica golpeó a Mitsuo en la cara con el ramo. "felicidades, estudiante de nuevo ingreso", fue todo lo que dijo, y luego se fue. La mujer que golpeo a Mitsuo se trataba de su amiga de la infancia, Kaga Kouko. Cuando eran niños se habían prometido a casarse cuando algún día llegarán a cumplir sus sueños. Con el fin de escapar de ella, Mitsuo había salido secretamente y tomado el examen de este colegio privado muy conocido.

Hace mucho tiempo, toda la humanidad vivió una vez en el mar. Sin embargo, el mundo es ahora el hogar de dos tipos de personas: los que optaron por abandonar el mar, deshaciéndose de la ropa especial brindada por el Dios del mar, y aquellos que optaron por quedarse. Los pensamientos entre las personas del mar y las personas de la tierra se volvieron tan distantes como los sitios en donde vivían, y deteriorados por el incontable paso del tiempo, olvidaron que alguna vez fueron el mismo pueblo. Una historia entre el mar y la tierra. Manaka Mukaido y Hikari Sakishima, residentes del mar, son amigos desde su infancia, quienes junto a sus amigos Chisaki Hiradaira y Kaname Isaki, decidirán asistir a una escuela en la tierra debido a problemas en su escuela del mar. Pero un encuentro especial, y una serie de acontecimientos, darán un giro en sus vidas.

Un grupo de 15 estudiantes de secundaria que sobresalen en sus propios campos (ej:shaman, deportista, Idol) son invitados a la Academia Hope Peak, una secundaria que solo acepta lo mejor de lo mejor. Graduarse de esta academia significa éxito asegurado en la vida. Poco después de llegar, los estudiantes se ven atrapados en la escuela, con todas las entradas y ventanas selladas, por un sádico oso de peluche llamado "Monokuma", quien ha tomado control de las instalaciones y les da dos opciones a los estudiantes: 1) Vivir por el resto de sus vidas dentro de las paredes de la escuela, o, 2) intentar escapar de esta "graduándose". Para graduarse un estudiante tiene que realizar un "Asesinato perfecto", matando a uno de sus compañeros sin ser descubierto por el resto de los estudiantes. Si el culpable es descubierto, este será "castigado". Si se sale con la suya, el quedara en libertad y el resto de los estudiantes serán "castigados".

Una vez, había un grupo de amigos de la niñez. Sin embargo, una vez que entraron en el instituto, ellos se distanciaron el uno del otro. Estos son: Jintan - el "hikikomori". Anaru - Ella solo quiere andar con sus novias. Yukiatsu y Tsuruko - Estos dos son apropiados estudiantes yendo a la escuela. Bobo - Más que entrar al instituto, él había optado para hacer algunos viajes. Anma - el que que cambia constantemente de grupo. Un día, Anma encuentra Jintan y le pide realizar su deseo. Para esto, los compañeros largo tiempo separados se juntan una vez más.

Existe un mundo después de la muerte, en donde las almas de las personas cuya vida fue injusta, tienen una segunda oportunidad de alcanzar la paz, y así volver a nacer. Pero la verdad es que nadie sabe muy bien como funciona este lugar donde no existen las enfermedades y no se puede morir (al menos de la forma que nosotros entendemos como muerte). Debido a la confusión se crean 2 bandos en conflicto: el Shinda Sekai Sensen (SSS), que lucha contra las intenciones de Dios por la vida injusta que les designó; y el bando formado por Tenshi (Ángel), cuyo único interés es que las demás personas se realicen y puedan renacer. En este mundo aparece nuestro protagonista, Otonashi, quien sin recuerdos de su vida anterior, se embarca en una aventura donde forja amistades profundas. Poco a poco recobra su memoria y ayuda a resolver los dilemas de las personas en este mundo.

Tenma Tsukamoto es una estudiante que, como tantas otras, está perdidamente enamorada. El afortunado es Ooji Karasuma, un muchacho inexpresivo e indiferente a todo, por lo que se verá obligada a enamorarle por todos los medios. Lo que Tenma ignora es que todo un ?Rey del Barrio?, Kenji Harima, anda detrás de ella y, pese a su fuerza y valor, es incapaz de mostrarle sus sentimientos. Las amigas de Tenma son una luchadora, una millonaria y una mujer muy misteriosa. Su hermana menor, Yakumo Tsukamoto, también será relevante. Los demás personajes son capaces de hacer cualquier cosa por amor... o por lo que haga falta.