Solo aquellos procedentes de linajes de familias nobles tienen la capacidad de enfrentar a los monstruos. Kufa es un noble nacido en la familia de un duque a quien envían como tutor de una joven llamada Merida. Merida no tiene talento alguno con el maná, lo que hace que en realidad la misión secreta y real de Kufa sea asesinarla.

Ciudad Academia un lugar que se encuentra 30 años de desarrollo por encima del mundo, en donde el 80% de los residentes son estudiantes que a traves de sistemas cientificos han alcanzado desarrollar la capacidad mental a tal punto de poder crear poderes con bases cientificas(ESPERS)y se clasifican desde el nivel 0 hasta el 5. La historia gira en torno a Misaka Mikoto mejor conocida como Railgun es una de los 7 espers LVL 5 mostrara su poder en los eventos que se desarrollan en la ciudad. Esta serie es una historia alterna de To aru Majutsu no Index desde el punto de vista de Misaka Mikoto.