La historia se sitúa en un Japón de dentro de mil años. Cinco niños (Saki la protagonista, Satoru, Maria, Mamoru y Shun) han nacido y se han criado en un tranquilo pueblo del cual se podría decir que es una utopía, con agua abundante y verdes zonas. El mundo de esa época está gobernado por aquellos con el ?poder maldito?, también conocido como ?el poder de los dioses?: la telequinesis. Tras cierto incidente, Saki y los otros acaban descubriendo la verdadera naturaleza del mundo en que viven. Entonces se dedican a estudiar toda la historia de la humanidad para descubrir cómo ha llegado hasta ese punto. Los cinco se embarcarán en una arriesgada aventura para luchar por proteger a sus amigos en un mundo al borde del colapso.

Esta historia es la secuela de shikabane hime aka aca vemos que despues de la muerte de tagami keisei por un grupo de shikabane que se hacen llamar shichisei. Pero keisei antes de su muerte hizo que kagami Ouri haga un contrato temporal con Makina para salvarla de convertirse en un shikabane. Despues Ouri decide entrenarse como monje para poder seguir siendo su contratista de Makina y asi poder derrotar a los shichisei ( los que originalmente mataron a Makina y a su familia cuando estaban vivos)

Kagami Oori (Ouri), un huérfano, una noche descubre la existencia de los Shikabanes (Cadáveres, pero que tienen un lazo que los une a este mundo) al encontrar a una chica (Hoshino Makina) muerta en un templo, la cual es "resucitada" frente a sus ojos, resultando ser una Shikabane Hime. Su hermano adoptivo, Tagami Keisei, es un sacerdote del culto Kougon, quienes crean a las Shikabane Himes para luchar contra de los Shikabanes. Si una Shikabane Hime elimina a 108 Shikabanes, podrá ir al cielo y descansar en paz... pero ese no es el objetivo de Makina.

Un chico llamado Hiro Hiyorimi se acaba de mudar a la ciudad para conocer a su hermana. Mientra caminaba bajo la acera, es herido de gravedad, agonizando apunto de morir es encontrado por una joven y hermosa mujer con ropa gótica. esta lo revive y lo deja en el hospital, Hiro despierta confundido por lo ocurrido y viendo a la chica como mata a una criatura lobo. Ella toma a Hiro como su sirviente y se presenta ante el como una princesa. De ahí en adelante Hiro la ayuda a matar criaturas que son enviados por sus hermanos para atacarla.

Un territorio misterioso, poblado por humanos temerosos de su único depredador, los "yomas". Para poder hacerles frente, se ven forzados a recurrir a algo igual de temible, unos seres creados con poderes sobrenaturales capaces de encontrarles y matarles, mujeres mitad humano mitad yoma, de bellos ojos plateados de mirada profunda, las llaman "Brujas de ojos plateados" o simplemente "Claymore". Sólo se subordinan a "La Organización" y su única regla inquebrantable es no matar humanos jamás. Una de ellas, Clare, conoce a un joven interesado en seguirla, Raki, quien se convertirá en el ser más valioso para ella. En su travesía, Clare encontrará nuevas aliadas e irá descubriendo las horribles verdades que hay detrás de "La Organización" y deberá luchar por su vida y su venganza personal.