En un mundo cubierto de arena, un joven llamado Chakuro vive en la enorme nave conocida como Ballena de Barro que viaja por el mar de arena. Chakuro y sus amigos nunca han conocido a nadie del mundo exterior, y pasan sus días soñando con cómo sería saber más de él. Un día se encuentran con una isla a la deriva en cuyo interior Chakuro conoce a una chica.

La historia sigue a un muchacho de instituto llamado Akihito Kanbara que aunque parece normal, es un medio yomu, lo que le hace invulnerable a las heridas debido a que se cura muy rápido. Un día Akihito conoce a una novata llamada Mirai Kuriyama cuando esta parece que está a punto de saltar de la azotea del instituto. Mirai se siente sola por su habilidad para manipular la sangre, algo único incluso entre aquellos con poderes sobrenaturales. Tras impedir Akihito que Mirai salte, comienzan a ocurrir extraños eventos.

La historia sigue a un muchacho llamado Houtarou que se une al club de literatura clásica por orden de su hermana mayor, aunque él prefiere no involucrarse en nada. En el club se va acercando poco a poco a la verdad tras cierto incidente relacionado con el tío de una muchacho del mismo y que ocurrió 33 años atrás. Él acabará viéndose arrastrado a resolver el misterio por otra chica.

Cuando una joven chica, Rakka, despierta de un sueño, ve un anillo de luz y una cara que le da la bienvenida, y a un grupo de chicas con alas. Entonces Rakka se convierte en un miembro de la Federacion Haibane, el grupo que protege el pueblo de Guri, encerrado por unos muros. ¿Porqué se ha convertido Rakka en un Haibane? ?Quienes son los Haibane? Mientras Rakka continua viviendo en paz en el pueblo de Guri, el misterio que hay detrás de sus nuevas compañeras comienza a descubrirse.