Después de derrotar a Majin Buu, la vida vuelve a ser tranquila una vez más. Goku vuelve a trabajar otra vez ya que Chichi le ordena que gane dinero, aunque él quiere seguir entrenando. Mientras, Goten, a punto de convertirse en cuñado de Videl, se embarca en un viaje con Trunks para encontrar un regalo para ella.
La historia original de Cyborg 009 gira alrededor de nueve inocentes que son convertidos a cyborgs en contra de su voluntad por la organización Black Ghost. Sin embargo los nueve elegidos se volverán en contra de sus captores con el fin de desbaratar los planes de la misteriosa organización y salvar a la humanidad haciendo uso de las nuevas habilidades que posee cada uno de ellos. Basado en el manga del mismo nombre, 009 RE:CYBORG es una impresionante pelicula de anime que combina la animacion 3D con la apariencia del anime clasico y unos efectos CGI de ultima generacion. Producida por PRODUCTION I.G. responsables de Ghost in the shell, Ghost in the shell Innocence, y GITS Stand alone complex, y dirigida por el realizador de Applesedd The begining.
La historia comienza con Jonathan Joestar, que vive con su padre George en Inglaterra con un nivel económico alto. Otro chico Dio Brando es adoptado por ellos dos ya que George creía que su padre Dario Brando les había salvado la vida. Jonathan trata de ser amigo de Dio, pero el plan de Dio es llevar a JoJo a la locura y ganar la confianza de George para conventirse en el heredero de la fortuna Joestar. Para lograrlo Dio golpea a Jonathan, besa a su novia Erina y quema a su perro Danny, y al mismo tiempo se gana la confianza de George con sus buenos modales, pero eso es solo el comienzo todo se complica cuando DIO se cruza con la "mascara del demonio" y su odio por jojo deja de ser un asunto de dinero. La Historia sigue con todos los susesores de Jonathan Joestar(JoJo), hijos, nietos que comparten sus ideales
Gon Frecks,un niño de 12 años,vive con su tia Mito y su abuela en Isla Ballena, huérfano de madre y según su tía también de padre. Un día Gon es atacado por un oso del bosque, pero es salvado por un cazador quien le explica que está en busca de su maestro para así convertirse en un cazador, el es quien le dice que su padre Gin esta vivo. Enterado de esto Gon decide convertirse en cazador para poder encontrar a su padre.