La historia se desarrolla en Shizume, una ciudad muy avanzada tecnológicamente. Allí, Yashiro Isana, un muchacho que es simpático con todo el mundo, vive apaciblemente hasta que un importante miembro de la banda HOMRA es asesinado. El problema es que Yashiro se parece muchísimo al único sospechoso de este asesinato, por lo que deberá escapar de los seguidores de HOMRA que buscan venganza.

Desde que se produjera el incidente de la Isla Academia en la que los cuatro “reyes” coincidieron, los miembros del clan Plateado Kuroh Yatogami y Neko han estado buscando a su maestro Shiro. Sin encontrar pista alguna sobre el paradero de Shiro, ambos están desanimados. Sin embargo, un día, ven a los miembros de HOMRA Rikio Kamamoto y Anna Kushina ser perseguidos por alguien.

Kagerou Project cuenta hasta el momento con adaptaciones al manga y novela bajo el nombre de uno de los temas que lo componen, “Kagerou Days”. La historia nos sitúa en el mes de Agosto, cuando en el aire se respira una sensación de estar vivo, el zumbido de las cigarras se escucha por todas partes y el calor esta a todo lo que da. Un “incidente” en cierta ciudad, se nos es contado desde la perspectiva de distintos personajes.