En esta serie se narra la historia del profesor de instituto Kōsuke Ōshiba y el delincuente e incompetente Masahiro Setagawa. Ambos personajes ya aparecieron en Hitorijime Boyfriend y, de hecho, Kōsuke es el hermano del protagonista de dicho manga, Kensuke.
La historia gira en torno a Hiraga Josef Kou, un genio científico, y Robert Nicholas, experto en criptoanálisis y archivos. Ambos trabajan juntos y son conocidos como los “investigadores de milagros” del Vaticano, viajando por todo el mundo para investigar la autenticidad de los supuestos milagros que ocurren.
Nino Arisugawa, una chica que adora cantar, experimenta por primera vez el dolor de tener que despedirse de su compañero de la infancia, Momo, que se muda. Después de la partida de Momo y tras hacerse amiga de Yuzu, un compositor, ¡Nino tiene que volver a experimentar otra triste separación! Con la música como única conexión y enlace, ¿cómo acabará este amor no correspondido? Como los dos chicos le prometieron que se volverían a reunir gracias a su canto, Nino se aferra a esa esperanza y sigue intentando que su voz les llegue. Ya en el instituto, Nino vuelve a reunirse por casualidad con Yuzu, pero anhela ver a Momo de nuevo…
La historia gira en torno a Kurogo Kurusu, un estudiante de instituto que adora el kabuki hasta el punto de resultar molesto. Kurogo anhela interpretar kabuki como parte de un club de su instituto, pero este no tiene club de kabuki. Así pues, Kurogo decide crear él mismo un club de kabuki, y su primera tarea es captar miembros.
Kojiro Shindo. Oficina del Gabinete del Director General de Planificación de Políticas, se encuentra en el aeropuerto de Haneda para un viaje de negocios. Mientras el avión está en la pista, una estructura gigante aparece de repente de la nada. El avión que transportaba a 251 pasajeros y a Shindo acaban dentro de la misteriosa estructura gigante. Después de que todos desembarcaran del avión, un hombre que se parece a un ser humano común se presenta ante ellos. Asegura a los pasajeros del avión que no deben temer ningún peligro. Shindo le pide que se identifique y que explique la situación. A continuación, se muestra el exterior de la estructura en una pantalla grande, y al mismo tiempo, el teléfono móvil de todos los pasajeros empieza a sonar a la vez. En la pantalla de cada teléfono se muestra un mensaje de este misterioso hombre: “Yo, Yaha-kui zaShunina, le informamo que voy a intervenir en los asuntos internos de Japón.” ¿Cuál es la meta de este joven? Shindo pasará a convertirse en un intermediario entre Japón y los Anisotorons …
Un ‘tutor real’ es un tutor que educa al príncipe en su casa, esta es una posición concedida solo a los mejores maestros del país. Haine Wittgenstein ha sido invitado para ser el tutor real del Reino Grantzreich. A él le han ordenado educar al próximo rey, pero delante de él están 4 príncipes excéntricos. ¿Qué métodos usará Haine con los 4 príncipes?
En esta historia de acción y fantasía, nos ponemos en la piel de Guren, un profesor a tiempo parcial en una escuela de magia. Sin embargo, sus métodos de enseñanza son algo particulares: al llegar a clase escribe en la pizarra “Estudio personal” y se echa una siesta. Una de sus estudiantes, Sistina, no puede tolerarlo y le reta a un duelo que el profesor pierde. Sin embargo, cuando la escuela se ve amenazada, Guren muestra una determinación inquebrantable por proteger a sus estudiantes.
Yako Katsuragi es una chica de 16 años que es conocida como "la detective escolar" y que tiene una agencia de detectives que conforman ella, Neuro Nogami su "ayudante" y Shinobu Godai que se encarga de reunir informacion de los casos. Aunque el que verdaderamente controla la agencia y resuelve los casos es Neuro, quien es un demonio cuyo alimento son los misterios y que va al mundo humano debido a que ya se comio todos los misterios del inframundo. Yako lo conoce a Neuro después de la muerte de su padre, que ocurre en circunstancias misteriosas y es clasificado como suicidio; ella piensa que fue un asesinato y mientras esta en la habitación de su padre aparece Neuro prometiendole resolver el misterio. Asi que mientras resuelven casos como detectives, Neuro busca el mejor misterio del mundo humano, Yako busca pistas acerca de la muerte de su padre.
