Senku es un joven extremadamente inteligente con un gran don para la ciencia y una ácida personalidad, y su mejor amigo es Taiju, que es muy buena persona pero más apto para usar los músculos que para pensar. Cuando tras cierto incidente toda la humanidad acaba convertida en piedra, ellos logran despertarse en un mundo miles de años después, con la civilización humana completamente desaparecida y con toda la humanidad congelada en piedra como ellos estuvieron. Ahora es su obligación rescatar a la gente y crear un nuevo mundo.

"¿Dónde estoy...?". Sin recordar cómo, Kirito se ha sumergido en un nuevo mundo virtual de fantasía. Con apenas unos pequeños retazos de recuerdos sobre lo que ocurrió antes de entrar al juego, comienza a vagar por él buscando alguna pista. Finalmente llega a un enorme y oscuro árbol, el Cedro Gigas, donde conoce a un joven. "Me llamo Eugeo. Es un placer conocerte, Kirito". Aunque es supuestamente un habitante de ese mundo virtual, un mero NPC, el joven parece mostrar el mismo abanico de emociones que cualquier ser humano. Kirito forja amistad con Eugeo y continúa buscando la forma de salir de este mundo virtual. Es entonces cuando recuerda algo que ocultaba en su interior. Recuerda haber corrido por las montañas con Eugeo cuando solo era un niño... Un recuerdo imposible que no debería tener, y en ese recuerdo ve también a una niña de cabellos rubios: Alice. Ese es un nombre que nunca deberá olvidar...

Karen Kohirumaki es una estudiante de secundaria que, además de no relacionarse del todo bien con gente del mundo real, vive con la inseguridad de medir 1,83 metros. Por ello, su avatar en el videojuego Gun Gale Online mide apenas metro y medio y viste complemente de rosa. Un día, conoce de manera online a Pitohui, un avatar femenino bonito y de piel morena que desea participar en el Squad Jam, una variación del battle royale por equipos del torneo Bullet of Bullets.

La película tiene lugar tras los hechos acontecidos en la segunda temporada animada. Kirito, Asuna y sus amigos empiezan a jugar a un nuevo juego conocido como OS (Ordinal Scale) que, a diferencia de los juegos anteriores, utiliza un sistema de realidad aumentada llamado Augma. En este juego, los jugadores se clasifican de acuerdo a sus rangos por lo que los jugadores con rangos inferiores tienen grandes desventajas. Sin embargo, Kirito y sus amigos descubren que algo va mal cuando se encuentran con monstruos de Aincrad.

La “historia de milagros y amor” gira en torno a Mitsuha y Taki. Mitsuha es una estudiante de secundaria que vive en un pueblo rural situado en las montañas. Su padre es el alcalde y no pasa mucho por casa, ella vive con su hermana pequeña estudiante de primaria y su abuela. Mitsuha tiene una personalidad honesta, pero a ella no le gustan las costumbres del santuario sintoísta de su familia, ni ella ni su padre participan en una campaña electoral. Ella se lamenta de que vive confinada en un pueblo rural y anhela el maravilloso estilo de vida de Tokio. Taki es un estudiante de secundaria que vive en el centro de Tokio. Él pasa su tiempo junto a sus amigos, trabajando a tiempo parcial en un restaurante italiano y está interesado en la arquitectura y las bellas artes. Un día, Mitsuha tiene un sueño en el que ella tiene el cuerpo de un hombre joven. Taki también tiene un sueño parecido y en el que él es una estudiante de secundaria en un pueblo en las montañas en él que nunca ha estado. ¿Cuál es el secreto de sus sueños?

ivir, no es fácil. Cuando Haruhito despierta, todo está oscuro. No sabe dónde está, porque está aquí y de dónde viene. A su alrededor hay muchos y muchas como él. Juntos avanzan hasta un mundo conocido como “Grimgar”. Recuerdos, dinero, poderes especiales. Esta es la realidad, somos nosotros los que nunca obtendremos estas cosas.

La historia gira en torno a las habilidades especiales que un pequeño porcentaje de chicos y chicas en la pubertad desarrollan. Yu Otosaka usa su poder sin que nadie lo sepa y lleva una vida bastante normal, con una vida estudiantil común. Ante él aparece un día una chica llamada Nao Tomori. Debido a su encuentro con ella, el destino de aquellos con poderes especiales quedará al descubierto. Esta es la historia de cómo aquellos con poderes especiales experimentan la juventud.

El Prodigio del piano, Arima Kosei dominó la competencia y todos los niños músicos sabían su nombre. Pero luego de que su madre, que a la vez era su instructora, muriera, él tuvo un colapso mental mientras tocaba en un recital que resultó en la incapacidad de poder escuchar el sonido de su piano otra vez, aun cuando no tenía problema alguno de audición. Incluso después de dos años, Kosei no ha tocado el piano y ve al mundo monótono, sin colores. Él estaba contento de vivir su vida con sus amigos Tsubaki y Watari hasta que, un día, una chica lo cambió todo. Miyazono Kaori es una linda violinista sin remordimientos cuyo estilo para tocar el violín refleja su personalidad. Kaori ayuda a Kosei a volver al mundo de la música, y le muestra que debería ser libre y romper los esquemas a diferencia del estructurado y rígido estilo al que Kosei estaba acostumbrado.

Phantom Bullet transcurre un año después de completarse SAO, cuando Kirito recibe una llamada del investigador Seijirou Kikuoka para hablar de un extraño caso relacionado con el juego Gun Gale Online. Un misterioso jugador llamado Death Gun es capaz de matar a personajes en el juego y, a su vez, matar a quienes los controlan en el mundo real. Kirito entrará en el juego para investigar cómo es eso posible y allí conocerá a Sinon, que será su guía en este nuevo mundo.

Kirito y el resto decide lanzarse a una misión acuática dentro del mundo de ALO para que Yui pueda cumplir su deseo de ver una ballena. Mientras se preparan para partir, descubren algo que les deja impactados... a Leafa, o Suguha, le da miedo el agua. Con ello, Asuna y el resto de chicas del grupo deciden enseñar a Suguha a nadar en una piscina en el mundo real. Mientras tanto, Kirito se encuentra con alguien...

La comedia romántica de instituto gira en torno a un estudiante de secundario llamado Sorata Kanda, el cual vive en el Sakurasou, el dormitorio para chicos problemáticos del instituto. Un día, Mashiro Shiina, una chica monísima que encima es una brillante artista, se muda a vivir a dicho dormitorio. Sorata decide que debe proteger a la aparentemente frágil Mashiro de la gentuza del Sakurasou, y resulta que no se equivoca: Mashiro no tiene ni idea de cómo cuidar de sí misma. Se pierde cuando sale a la calle, no sabe doblarse la ropa y tiene la habitación hecho un desastre. Al final los muchachos del Sakurasou consideran a Sorata como el ?dueño? de Mashiro, y habrán de vivir en el dormitorio bajo la idea de que todos les vean como ?dueño y mascota?.

Escapar es imposible hasta terminar el juego; un game over significaría una verdadera "muerte". Sin saber la "verdad" de la siguiente generación del Multijugador Masivo Online, 'Sword Art Online(SAO)', con 10 mil usuarios unidos juntos abriendo las cortinas para esta cruel batalla a muerte. Participando solo en SAO, el protagonista Kirito ha aceptado inmediatamente la "verdad" de este MMO. <br/><br/> Y, en el mundo del juego, un gigante castillo flotante llamado 'Aincrad', Kirito se distinguió a si mismo como un jugador solitario. Apuntando a terminar el juego al alcanzar la planta mas alta el solo continua avanzando arriesgadamente hasta que recibe una invitación a la fuerza de una guerrera y esgrimista experta, Asuna, con la cual tendra que hacer equipo.

La historia se desarrolla en Tokyo, durante el año 2039, 10 años después que un virus llamado ?Lost Christmas? atacase Japón, que ahora se encuentra controlado por la organización de varias naciones llamado GHQ. Ohma Shu tiene 17 años y tiene poderes especiales, la Habilidad del Rey, con el que suele tomar armas y herramientas de sus amigos. Aunque ha estado evitando meterse en problemas, eso cambiará cuando conozca a una chica llamada Yuzuriha Inori,miembro de la resistencia.