En el año 2015, el mundo está al borde de su destrucción. La última esperanza de la humanidad reside en las manos de NERV, una agencia especial bajo el mando de las Naciones Unidas, y sus Evangelions, unos robots gigantes capaces de derrotar a los Ángeles que anuncian la ruina de la Tierra. Gendou Ikari, jefe de la organización, busca pilotos compatibles que puedan sincronizarse con los Evangelions y sacar su verdadero potencial. - KUDASAI

La historia está ambientada en un futuro dónde las criaturas contaminadas por la polución de un “agente contaminante” han forzado a la humanidad a vivir aislada en ciudades móviles y cerradas llamadas “Regios”. Este agente generó, al mismo tiempo, bestias contaminadas y personas con poderes especiales. En la ciudad de “Czerni”, el joven Reifon Aruseifu, tras la desaparición de su amiga de la infancia, acaba de ingresar en la escuela y se enrola en la “Unidad Especial de Artes Marciales - Pelotón 17º” para explorar el planeta combatiendo a las “Bestias Contaminadas”