Mitsugu Bamba es una estudiante de preparatoria que aprecia ayudar a otros a través de la donación de sangre. Frecuentemente visita el banco de sangre por este propósito, a pesar de que la enfermera tiene un pésimo carácter. Un día, se encuentra con una hermosa chica, que parece extranjera, en el banco de sangre. La pálida chica parece a punto de desmayarse, pero luego comienza a destruir las instalaciones. Poco después pierde el conocimiento y Mitsugu la lleva a su casa…

«Hanako-san, Hanako-san… ¿estás ahí?» En la Academia Kamome, abundan los rumores sobre los llamados Siete Misterios de la escuela, uno de los cuales es Hanako-san. Se dice que si utilizas el tercer puesto del baño de mujeres del tercer piso en el viejo edificio de la escuela, Hanako-san te concederá cualquier deseo una vez la invoques. Nene Yashiro, una chica de preparatoria y estudiante de la Academia amante del ocultismo, se aventura a este baño encantado… ¡pero el Hanako-san que todos creían no tiene nada que ver con lo que imaginaban! ¡Resulta que Hanako-san en la Academia Kamome… es un niño!

Los subhumanos no pueden morir. Aparecieron por primera vez en Africa durante un conflicto bélico, hace diecisete años. A partir de entonces, más especímenes han ido apareciendo en la sociedad humana y, para fines experimentales, el gobierno recompensará generosamente a cualquiera que capture uno. Ajeno a ello, un estudiante de bachillerato se dispone a comenzar sus vacaciones de verano, incapaz de pensar que su vida está a punto de tomar un giro inesperado.

Trata de la vida de la estudiante de secundaria superior Haruhi Suzumiya y de aquellos que quedan atrapados en sus locuras. Aunque Haruhi es el personaje central, la historia es contada desde el punto de vista de Kyon, uno de sus compañeros de clase. Kyon es un estudiante de secundaria superior que recientemente ha dejado atrás sus fantasías de sucesos paranormales, viajeros del tiempo, y aliens, junto con la escuela secundaria inferior. Sin embargo, cuando elige hablar con una chica excéntrica que responde al nombre de Haruhi Suzumiya el primer día de clase, inintencionalmente desata una cadena de eventos que lo llevan a situaciones enteramente diferentes del mundo real.

La historia se centra en Lucy, una declonius (una mutación del ser humano creada por los hombres, que se caracteriza por tener dos pequeños cuernos en la cabeza y dos brazos invisibles de dos metros) que consigue escapar del centro de investigación donde la tenían retenida junto a otros declonius para estudiarla, en la huida es alcanzada por un francotirador que la destruye el casco que protegía su cabeza dejándola inconsciente. Lucy es arrastrada por las olas hasta una playa donde es encontrada por Kouta y Yuca que la llevan a un viejo restaurante. Debido al disparo del francotirador Lucy ha perdido la memoria por completo y pasa de ser una sádica asesina a una inocente chica que solo sabe decir Nyu, por lo que Kouta y Yuca deciden llamarla así. Con el paso del tiempo Lucy irá recordando cosas del pasado.