Cuando Hina-chan se enamora de Koyuki Ayase en la escuela, su falta de valor hace que él se gradúe y vaya a preparatoria sin saber sus sentimientos. Pero cuando llega el momento de escoger, Hina decide que irá a la preparatoria de su antiguo senpai para declararle su amor.
La “historia de milagros y amor” gira en torno a Mitsuha y Taki. Mitsuha es una estudiante de secundaria que vive en un pueblo rural situado en las montañas. Su padre es el alcalde y no pasa mucho por casa, ella vive con su hermana pequeña estudiante de primaria y su abuela. Mitsuha tiene una personalidad honesta, pero a ella no le gustan las costumbres del santuario sintoísta de su familia, ni ella ni su padre participan en una campaña electoral. Ella se lamenta de que vive confinada en un pueblo rural y anhela el maravilloso estilo de vida de Tokio. Taki es un estudiante de secundaria que vive en el centro de Tokio. Él pasa su tiempo junto a sus amigos, trabajando a tiempo parcial en un restaurante italiano y está interesado en la arquitectura y las bellas artes. Un día, Mitsuha tiene un sueño en el que ella tiene el cuerpo de un hombre joven. Taki también tiene un sueño parecido y en el que él es una estudiante de secundaria en un pueblo en las montañas en él que nunca ha estado. ¿Cuál es el secreto de sus sueños?
Los estudiantes de la clase 3-E tienen una misión: asesinar a su profesor antes de la graduación. Él ya ha destruido la luna, y prometió destruir la Tierra si no es asesinado dentro de un año. Pero, ¿cómo podrá esta clase de inadaptados asesinar a un pulpo extraterrestre, capaz de alcanzar la velocidad Mach 20, y que quizás ha sido el mejor profesor que han tenido?
Es primavera. Como siempre, la recién llegada a tercer curso Tamako Kitashirakawa, no piensa en otra cosa que no sea en el mochi. Una noche, volviendo a casa desde clase, comienza a hablar con sus amigas, como siempre. Todas están nerviosas por lo que les deparará el futuro. Tamako responde sin dudarlo que ella quiere seguir con el negocio de mochis. Al mismo tiempo, el chico que vive al otro lado de su calle y que pasa tiempo con ella, Mochizou, toma cierta decisión. Varias cosas han cambiado a su alrededor, y el corazón de Tamako poco a poco comienza a vibrar…
El padre Momozono Nanami, un hombre con afición por el juego, desapareció después de acumular una gran cantidad de deudas por lo tanto su hija fue expulsada de su casa por cobradores. Cuando ayudo a un chico tímido que era perseguido por un perro, este le dijo que le daría su casa. Ella creyó en sus palabras, pero cuando fue a su casa, resulto ser un santuario. Además, un tipo con orejas de zorro llamado Tomoe apareció, el cual estaba esperando al anterior dueño por 20 años. Esto confunde mas a Nanami...
Una vez, había un grupo de amigos de la niñez. Sin embargo, una vez que entraron en el instituto, ellos se distanciaron el uno del otro. Estos son:
Jintan - el "hikikomori".
Anaru - Ella solo quiere andar con sus novias.
Yukiatsu y Tsuruko - Estos dos son apropiados estudiantes yendo a la escuela.
Bobo - Más que entrar al instituto, él había optado para hacer algunos viajes.
Anma - el que que cambia constantemente de grupo.
Un día, Anma encuentra Jintan y le pide realizar su deseo. Para esto, los compañeros largo tiempo separados se juntan una vez más.
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